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转录组数据查看转录起始位点

转录组数据查看转录起始位点

作者: 佳名 | 来源:发表于2021-07-05 17:18 被阅读0次

XIST是XIC(X染色体失活中心)发现的第一个非编码基因。在雌性哺乳动物早期发育过程中,XIST转录后使一对X染色体中的其中一条沉默,异染色质化为无活性的巴氏小体,从而使雌性和雄性之间具有等量效应。

需要材料:
IGV软件
按基因组位置排序好的bam文件(bam文件由fastq文件比对到基因组而来),以及其bai结尾的索引文件
bam文件的来源参见管道命令实现比对到格式转化一条龙 - 简书 (jianshu.com)

转录启始位点
转录终止位点

由上图可见,非编码基因XIST和编码基因TSIX有部分外显子在基因组上重叠,而两个基因的转录方向相反,此时需要链特异性文库才可以确定测序得到得reads片段是由非编码基因XIST还是编码基因TSIX转录出的RNA。

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