不了解conda的基础使用的话，放弃这篇文章，否则徒增烦恼。
如果本文对你有用，可以关注下我的公众号 "大叔的生信备忘录"
问题引入
image.png
前段时间有个群里遇到个conda 下安装软件的问题，如上报错。
注意：他是在不进入某个conda环境下安装的软件。
他使用服务器的特点：该机构服务器已经配置好conda，并在base环境下安装了大部分生信软件。普通用户无法更改base环境，但是可以新建环境，并在自己新建环境下安装自己的软件。
猜测这个问题是因为conda环境外，无法安装。让他新建个环境，并进入后再安装软件。但是他好像是个conda新手，他的回答让我十分无语，并未进行上述操作。
我当时在该结构服务器上测试了下，当时网络没有问题，按我新建环境后再安装软件也是十分正常。
所以，自己特地在虚拟机上删除原来的conda进行测试，不进入conda到底能否安装软件。
这里不介绍conda具体安装与配置过程，有兴趣的可以查看我之前的推文学习。
测试内容
miniconda 安装后将export PATH=/home/zheng/miniconda3/bin:$PATH 加入到~/.bashrc ,并执行source ~/.bashrc
- 新建一个名为
test的环境
conda create -n test -y
conda env list
image.png
image.png
- 测试
conda可用，但是不能说明就是展示的base 环境下的软件。新装一个软件进行测试
image.png
- 不进入环境安装
fastQC
conda install fastqc
在环境外可以成功安装软件fastqc ，如下图
image.png
image.png
- 验证
- 环境外验证调用
fastqc -v
image.png
不进入conda环境，尝试测试fastqc 安装结果
- 环境内验证
conda activate
conda list |grep 'fastqc'
conda deactivate
conda activate test
conda list |grep 'fastqc'
image.png
在base 环境内，测试到了软件fastqc
在test 环境内，未测试到软件fastqc
- 初步的测试结论
conda加入环境变量，不进入环境，依然可以安装和调用conda环境的软件，且实际安装和调用软件为base 环境下软件。
但是，本次测试未对依赖较多的软件进行测试安装和实际使用，具体结论是否正确，有待进一步实践检验。
- 最开始问题的解决
既然conda外调用的是base 环境，由于该机构服务器上普通用户无权限更改base 环境，所以他不可能安装成功。
所以，他只要新建个环境并进入该新环境，就可以安装软件了。
- 我的其它想法
不进入环境都可调用软件，那系统本身环境（apt安装的软件）和conda的base环境是否也可能产生冲突呢？这种冲突，是否可以尽量使用conda安装来避免呢？或者不在base环境下安装软件，而是装入到新建环境中，可否避免这种冲突呢？
网友评论