转录组
转录组是研究功能基因的利器，通过转录组测序可以得到大量差异基因和众多调控网络，围绕转录组开展的多组学分析策略已是多种类型高分文章的必备“法宝”。
代谢组
代谢组学是生物体被扰动后（如基因改变或环境改变），通过对生物体内所有小分子代谢物进行定性定量分析，发现其代谢物种类/数量及其变化规律，并寻找代谢物与生理病理变化相对关系的科学。通过对比实验组和对照组的代谢产物来寻找有意义的差异代谢物，为寻找生物标志物、疾病初诊断以及研究疾病发病机制提供了新的思路和方向。
联合分析
转录组+代谢组的联合分析，可以同时实现从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题，相互间进行验证，从海量的数据中筛选出关键基因、代谢物及代谢通路，深度解析生物系统的宏观发育过程，解释生物过程的复杂性和整体性。
联合分析思路及案例
下面分享三篇农学领域转录组+代谢组联合分析的文章（动物篇），供各位老师参考。
文章一
文章题目：转录组+代谢组联合分析揭示不同生长发育时期鸡的肉质依赖性动态变化
发表期刊：Food Research International
影响因子：6.475
使用技术：转录组+代谢组
研究概述
鸡胸肉含有不饱和脂肪酸和较低的脂肪、钠和胆固醇，是大家最喜欢的肉类之一。近年来，随着人们对食品营养价值和自身健康的重视，研究者们开始致力于如何提高肉类质量的研究，而生长时期是影响鸡肉质量的重要因素，但不同时期哪些特定代谢物积累是影响鸡肉品质的关键还不清楚。本研究使用代谢组和转录组技术，确定了特定代谢物积累的关键基因，有助于了解肉类质量发展下的生物过程，并探索特定代谢物积累的有价值的生物标志物。
技术路线
文章二
文章题目：代谢组和转录组联合分析揭示猪卵母细胞在成熟过程中的代谢模式
发表期刊：Frontiers in Endocrinology
影响因子：5.2
使用技术：转录组+代谢组
研究概述
良好的代谢是卵母细胞发育的先决条件。迄今为止，许多研究主要集中在卵母细胞对外源性底物的利用上，而在减数分裂成熟过程中，其内在调控的潜在机制则较不明确。在这篇文章中，作者通过在三个时间点分离猪卵母细胞，通过代谢组学和转录组学联合分析，共同描述了成熟过程中代谢模式的整体图景。作者确定了猪卵母细胞减数分裂过程中新的代谢特征，如胆汁酸的下降、活性单碳代谢和核苷酸代谢的下降等。本研究不仅提供了一个全面的多组学数据资源，而且可能有助于发现可用于预测和提高卵母细胞质量的分子生物标志物。
技术路线
文章三
文章题目：转录组学和代谢组学联合分析揭示麻醉剂对草鱼的影响
发表期刊：Frontiers in Cellular and Infection Microbiology
影响因子：5.7
测序技术：转录组+代谢组
研究概述
草鱼是一种常见的淡水硬骨鱼，比其他鲤鱼更容易感染各种疾病，因此可作为一种毒理学分析的试验生物。本研究为探讨不同浓度麻醉药对鱼的影响，作者建立了各麻醉药的高浓度和低浓度组，通过转录组学和代谢组学分析揭示其相关麻醉机制及毒性作用。结果显示，花生四烯酸的代谢受到MS-222的抑制，2-PE可以通过影响花生四烯酸代谢的上下游代谢途径，从而影响花生四烯酸的代谢。两种麻醉剂都是通过影响相关代谢物来诱导草鱼发生镇静作用的，而这些代谢物又会影响应激反应和自身免疫。
技术路线
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