R小盐准备介绍那些小众又好用的生信数据库
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今天R小盐介绍的数据库是CellMarker
01 CellMarker数据库介绍
CellMarker在2019年由哈尔滨医科大学李霞老师团队发表于核酸研究 (Nucleic Acids Research)。
生物学中最基本的问题之一是哪种类型的细胞以功能协调的方式形成不同的组织和器官。更大规模的单细胞测序和生物实验研究现在正在迅速开辟新的方法来跟踪这个问题，揭示大量的细胞标记区分不同的细胞类型在组织中。细胞标记数据库（CellMarker），旨在为人类和小鼠组织中各种细胞类型的细胞标记提供一个全面而准确的资源。
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通过对10万多篇已发表论文的手工整理，记录了4124条条目，包括细胞标记信息、组织类型、细胞类型、癌症信息和来源。最后，收集了81个小鼠组织/亚组织中158个人体组织/亚组织中467种细胞类型的13,605个细胞标记物和9148个小鼠组织/亚组织中389种细胞类型的细胞标记物，并存放在细胞标记物中。
CellMarker 提供了一个用户友好的界面，可以浏览、搜索和下载不同组织的不同细胞类型的标记。
02 细胞标记数据库CellMarker使用
生物学中最基本的问题之一是哪些类型的细胞以功能协调的方式形成不同的组织和器官。 更大规模的单细胞测序和生物学实验研究现在正在通过揭示用于区分组织中不同细胞类型的大量细胞标记物来迅速开辟追踪这个问题的新方法。
CellMarker 数据库http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/ 或者 http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/，旨在提供一个全面准确的资源 人和小鼠组织中各种细胞类型的细胞标记物。 通过人工整理超过 10 万篇已发表论文，记录了 4124 个条目，包括细胞标记信息、组织类型、细胞类型、癌症信息和来源。 最后，收集了158个人体组织/亚组织中467个细胞类型的13 605个细胞标记物和81个小鼠组织/亚组织中389个细胞类型的9148个细胞标记物，并存放在CellMarker中。 CellMarker 提供了一个用户友好的界面，用于浏览、搜索和下载不同组织的不同细胞类型的标记。 此外，通过生动的统计图表以图形和直观的方式呈现每种细胞类型中汇总的标记物流行率。 我们相信 CellMarker 是一种全面而有价值的细胞研究资源，可用于精确识别和表征细胞，尤其是在单细胞水平。
鉴于单细胞 RNA 测序对识别细胞标记的重要贡献，通过使用关键词列表搜索 PubMed，例如“单细胞测序”、“单细胞 RNA 测序”、“单细胞 RNA-seq” 和'scRNA seq'，并获得1000多篇单细胞测序相关论文。 然后，通过仔细阅读了所有的全文并检查了它们的相关补充表，如果细胞类型得到了确定，则提取了单细胞测序研究中鉴定的细胞标记物列表。
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总之，CellMaker 将成为研究人员在单细胞 RNA 测序研究中识别感兴趣的细胞类型并进一步分析单个细胞的特定生物学功能的信息丰富且有价值的资源。 进一步的扩展将在以下几个方面进行。 首先，越来越多的不同细胞（如一些新的/稀有细胞类型）的细胞标志物将被单细胞RNA测序技术识别。 因此，我们将继续跟踪单细胞测序研究，并通过频繁添加新的细胞标记来更新数据库。
其次，其他物种（如斑马鱼、果蝇和秀丽隐杆线虫）的细胞标记物将在未来版本的 CellMarker 中添加，为用户提供更全面的细胞标记物信息。 第三，细胞状态标记将被添加到 CellMarker 中，因为单细胞 RNA 测序技术允许研究人员系统和精确地表征各种细胞群中的细胞状态。 第四，其他类型的细胞标记，例如非编码 RNA 和功能元件的表观遗传修饰（例如增强子），也将被收集到数据库中。
数据库引用
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