是一个管理软件的工具，类似于“应用商店”的概念，目前已成为很好的生物软件管理工具。
今天从Miniconda入手，开始学习如何在linux中下载、安装、卸载软件。

1.下载安装

下载最新版本

因为Miniconda站点在国外，所以需要借助国内的镜像站点提高下载速度，这里我们使用清华镜像源。

网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

Miniconda清华镜像

• 找到适合自己电脑操作系统的最新版本， 右键复制下载链接。

  
  

• 使用wget命令下载

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   

没有对比就没有伤害。

• bash 运行

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

1 按回车继续
Please, press ENTER to continue
>>>
2 是否继续，手动填yes
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> yes
3 刷新激活 (关键)

source ~/.bashrc

可以看到conda会改变命令行设置，即前面多了（base)。这让有强迫症的我看了有点不太习惯，但后续的操作发现，这个可以区分不同的虚拟环境，可以有效避免路径找不到的问题，所以我选择默默接受...

4敲conda命令（出现用法信息则表明安装成功）

2.配置清华镜像源

在命令行中运行以下命令

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

3.安装与卸载软件（以fastqc软件为例）

• 不知道软件具体名字——搜索

搜索软件，列出多个版本
conda search fastqc  

如图：

• 知道软件具体名字——直接安装

安装软件 ，加-y， 不加会很墨迹。
conda  install -y  fastqc=0.11.7

PS:不加版本号，默认安装最新版本。

• 安装成功后，利用Xmanager 自带的图形界面管理器
  输入fastqc命令，出现软件的图形化界面

  
  

• remove命令卸载软件

同理，卸载软件也加-y
conda  remove -y  fastqc =0.11.7

4.conda虚拟环境

列出所有虚拟环境
conda info  --envs

创建一个新的虚拟环境
conda create -n name 

删除虚拟环境
conda remove -n name

进入（切换）不同的虚拟环境
conda activate name

退出虚拟环境
conda deactivate 

虚拟环境进入与退出