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超详细ggforest绘制森林图(只需要方程,不用整理个格式哦)

超详细ggforest绘制森林图(只需要方程,不用整理个格式哦)

作者: 灵活胖子的进步之路 | 来源:发表于2020-12-29 19:00 被阅读0次

    一般画森林图的forestplot包需要大家把格式整理成其需要的“标准格式”,笔者最早学习绘制森林图的时候也是利用的forestplot包,每次都需要把计算出来的数据进行“二次整理”,有点浪费时间,前段时间学习surminer包的时候发现其中有个ggforest函数,可以直接应用数据集和构建的cox回归方程绘制森林图,非常方便

    以下为主要参数用法

    主要参数

    实战代码

    library(survival)
    library(survminer)
    library(tidyverse)
    library(eoffice)
    
    rm(list = ls())#清空列表
    options(stringsAsFactors = F)#设定全局变量
    

    构建回归方程

    model <- coxph( Surv(time, status) ~ sex + rx + adhere,
                    data = colon )
    

    绘制简单森林图(建议初学者所有形式参数都不要省略)

    ggforest(model = model,#cox回归方程
             data = colon,#数据集
             main = "简单森林图")#标题
    
    初步森林图

    可以看到,其把sex当做了数值向量,下部对需要的分类变量因子化并美化图

    #利用within函数因子化,直接利用factor也可以
    colon <- within(colon, {
      sex <- factor(sex, labels = c("female", "male"))
      differ <- factor(differ, labels = c("well", "moderate", "poor"))
      extent <- factor(extent, labels = c("submuc.", "muscle", "serosa", "contig."))
    })
    #以下构建回归方程
    bigmodel <-
      coxph(Surv(time, status) ~ sex + rx + adhere + differ + extent + node4,
            data = colon )
    #以下绘制森林图
    p<- ggforest(bigmodel,colon)
    print(p)
    
    森森林图

    导出为pptx格式继续编辑

    topptx(figure = p,filename = "森林图.pptx")
    
    导出为pptx格式
    最终图

    其实还还以继续美化哈

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