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2020-12-29 生信上课笔记

2020-12-29 生信上课笔记

作者: L6511 | 来源:发表于2020-12-30 14:07 被阅读0次

    1、数据库

    taip拟南芥,rapdb水稻数据库,ngdc国内组学数据库,ena下载速度比ncbi快,ddbj日本数据库没人用,Swissmodel蛋白结构同源模型服务

    2、系统发育树及构建方法

    系统发生哪个先有哪个后有

    系统发生树就是一种聚类就是一种常见机器学习的方法,数据类型:表型特征,分子标记,snp

    构建算法,基于距离特征

    常用软件mega

    3、功能注释,

    看生物学功能两种方法

    基于同源性做BLAST

    通过从头预测蛋白功能域

    蛋白功能在线分析数据

    4、数据可视化:热图

    excel用单元格式三个分号可以隐藏数字,条件格式可以画简单的热图,只适合不做聚类的

    R中alpha透明度

    序列联配扣分太多是因为两个碱基突变比较大所以负分很多

    基因组序列测了没有太大价值,只有注释出真正的基因才能找出功能

    tss转录起始位点,具体每一段外显子序列什么的

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