1、数据库
taip拟南芥，rapdb水稻数据库，ngdc国内组学数据库，ena下载速度比ncbi快，ddbj日本数据库没人用，Swissmodel蛋白结构同源模型服务
2、系统发育树及构建方法
系统发生哪个先有哪个后有
系统发生树就是一种聚类就是一种常见机器学习的方法，数据类型：表型特征，分子标记，snp
构建算法，基于距离特征
常用软件mega
3、功能注释，
看生物学功能两种方法
基于同源性做BLAST
通过从头预测蛋白功能域
蛋白功能在线分析数据
4、数据可视化：热图
excel用单元格式三个分号可以隐藏数字，条件格式可以画简单的热图，只适合不做聚类的
R中alpha透明度
序列联配扣分太多是因为两个碱基突变比较大所以负分很多
基因组序列测了没有太大价值，只有注释出真正的基因才能找出功能
tss转录起始位点，具体每一段外显子序列什么的
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本文标题：2020-12-29 生信上课笔记
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