两条命令就跑完RNA差异分析

作者: 基因组学研究生 | 来源:发表于2021-05-12 21:23 被阅读0次

        数据分析实在太难了,差异分析到底怎么跑啊,怎么才不出错呀!coldata到底怎么构建呀……!别慌,傻瓜包来了!它就是simpleRNA,居然只要两条命令就能跑完复杂的RNA差异分析,并生成结果矩阵和结果图!

    simpleRNA —— 简单易用的R包,不需要懂分析就能跑

        为了方便各位不熟悉数据分析的小白们能够自己做好RNA差异分析,小编联合另一位小伙伴Skye直接写了一个傻瓜包——simpleRNA。10秒就能跑完

        你需要准备的只有2个:

    1> 你的表达矩阵

    2> 一个分组矩阵

        运行流程也非常简单,只要你电脑装了R,在R中指定这两个矩阵的路径,然后直接复制2行代码就可以直接跑出结果啦!

    test <- runDiff(matdir = matdir,condi = condi)comp <- compareSmp(test$dds,group1 = "CV",group2 = "normal")

    结果会直接输出标准化过的矩阵两两比较的结果、以及表达火山图和热图

    数据来源于【GSE81455】

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE81455

    是不是很心动!

    接下来,小编就教大家怎么用。

    使用教程

    【一、安装】(高阶玩家可以直接跳过)

    1> 首先你的电脑要安装R,然后安装依赖包(已经装了这些的话请跳过):

          依赖包:DESeq2, edgeR, pheatmap, ggplot2, ggrepel【强者跳过】

          没装过的直接复制以下代码

    install.packages("ggplot2")install.packages("ggrepel")install.packages("pheatmap")if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))  install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")BiocManager::install("edgeR")

    2> 安装simpleRNA,下载simpleRNA安装包【获取安装包请拉到最底下

          在Rstudio中右下角点开packages选项卡,点击install

    install from 选择第二个package Archieve file,在弹出的对话框中找到刚刚下载的package文件

    点击install即可--安装完成。

    【二、准备输入文件】

    1> 表达矩阵

    仅支持txt文件,如果你的表达矩阵是excel文件,请打开该文件,然后执行 【CTRL+A】,【CTRL+C】, 然后新建一个txt文件,并【CTRL+V】,然后直接保存。 (其实就是全选然后复制粘贴过去)

    【example】:

    第一列第一行必须是空

    【全选】——【复制】——【粘贴】后如下:


    2> 分组矩阵

    分组矩阵的建立步骤:

        a> 在EXCEL中建立分组矩阵

    【注意分组矩阵的列名和表达矩阵的行名一致】

    【第一列第一行必须是空,第二列第一行必须是condition

        b> 复制粘贴到txt文件

    【三、运行】

    #导入所有需要的包library(DESeq2)library(edgeR)library(ggplot2)library(ggrepel)library(pheatmap)library(simpleRNA)matdir <- "C:/R/wd/expression_Matrix.txt"  [路径]请换成你自己的路径condi <- "C:/R/wd/condition.txt"  [路径]同样需要更换成你自己的路径test <- runDiff(matdir = matdir,condi = condi)comp <- compareSmp(test$dds,group1 = "CV",group2 = "normal")

        记得把路径换成你自己的路径哦。

        这样就完成了,接下来会在你的工作路径里面生成上调结果和下调结果,以及一个plot文件包含一个【火山图】和一个【热图】,如果你不知道工作目录在哪里,没关系,运行完会有提示的。

    提示我已经生成了结果,来看看吧。

    自动生成的火山图:

    以及热图:

    数据来源于【GSE81455】经过了修改,将第一行第一列改成了空

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE81455

    还不错!省了很多事!

    各位小伙伴如果有什么别的希望能做成傻瓜包的,欢迎给我留言哦~

    直接戳公众号回复即可!

    【simpleRNA】下载:回复公众号关键词simpleRNA,即可获得下载地址啦!转发让更多的小伙伴用上~

    特别鸣谢:

    simpleRNA共同作者Skye

    隔壁桌师妹不厌其烦的调试

    转载自公众号文章两条命令就跑完RNA差异分析

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