两条命令就跑完RNA差异分析

    数据分析实在太难了，差异分析到底怎么跑啊，怎么才不出错呀！coldata到底怎么构建呀……！别慌，傻瓜包来了！它就是simpleRNA，居然只要两条命令就能跑完复杂的RNA差异分析，并生成结果矩阵和结果图！

simpleRNA —— 简单易用的R包，不需要懂分析就能跑

    为了方便各位不熟悉数据分析的小白们能够自己做好RNA差异分析，小编联合另一位小伙伴Skye直接写了一个傻瓜包——simpleRNA。10秒就能跑完

    你需要准备的只有2个：

1> 你的表达矩阵

2> 一个分组矩阵

    运行流程也非常简单，只要你电脑装了R，在R中指定这两个矩阵的路径，然后直接复制2行代码就可以直接跑出结果啦！

test <- runDiff(matdir = matdir,condi = condi)comp <- compareSmp(test$dds,group1 = "CV",group2 = "normal")

结果会直接输出标准化过的矩阵、两两比较的结果、以及表达火山图和热图。

数据来源于【GSE81455】

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE81455

是不是很心动！

接下来，小编就教大家怎么用。

使用教程

【一、安装】(高阶玩家可以直接跳过)

1> 首先你的电脑要安装R，然后安装依赖包（已经装了这些的话请跳过）：

      依赖包：DESeq2, edgeR, pheatmap, ggplot2, ggrepel【强者跳过】

      没装过的直接复制以下代码

install.packages("ggplot2")install.packages("ggrepel")install.packages("pheatmap")if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))  install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")BiocManager::install("edgeR")

2> 安装simpleRNA，下载simpleRNA安装包【获取安装包请拉到最底下】

      在Rstudio中右下角点开packages选项卡，点击install

install from 选择第二个package Archieve file，在弹出的对话框中找到刚刚下载的package文件

点击install即可--安装完成。

【二、准备输入文件】

1> 表达矩阵

仅支持txt文件，如果你的表达矩阵是excel文件，请打开该文件，然后执行 【CTRL+A】，【CTRL+C】, 然后新建一个txt文件，并【CTRL+V】，然后直接保存。 （其实就是全选然后复制粘贴过去）

【example】：

【第一列第一行必须是空】

【全选】——【复制】——【粘贴】后如下：

---

2> 分组矩阵

分组矩阵的建立步骤：

    a> 在EXCEL中建立分组矩阵

【注意分组矩阵的列名和表达矩阵的行名一致】

【第一列第一行必须是空，第二列第一行必须是condition】

    b> 复制粘贴到txt文件

【三、运行】

#导入所有需要的包library(DESeq2)library(edgeR)library(ggplot2)library(ggrepel)library(pheatmap)library(simpleRNA)matdir <- "C:/R/wd/expression_Matrix.txt"  [路径]请换成你自己的路径condi <- "C:/R/wd/condition.txt"  [路径]同样需要更换成你自己的路径test <- runDiff(matdir = matdir,condi = condi)comp <- compareSmp(test$dds,group1 = "CV",group2 = "normal")

    记得把路径换成你自己的路径哦。

    这样就完成了，接下来会在你的工作路径里面生成上调结果和下调结果，以及一个plot文件包含一个【火山图】和一个【热图】，如果你不知道工作目录在哪里，没关系，运行完会有提示的。

提示我已经生成了结果，来看看吧。

自动生成的火山图：

以及热图：

数据来源于【GSE81455】经过了修改，将第一行第一列改成了空

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE81455

还不错！省了很多事！

各位小伙伴如果有什么别的希望能做成傻瓜包的，欢迎给我留言哦~

直接戳公众号回复即可！

【simpleRNA】下载：回复公众号关键词simpleRNA，即可获得下载地址啦！转发让更多的小伙伴用上~

特别鸣谢：

simpleRNA共同作者Skye

隔壁桌师妹不厌其烦的调试

转载自公众号文章两条命令就跑完RNA差异分析

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