convert Ensembl=>UCSC conversion

作者: njmujjc | 来源:发表于2018-12-28 19:07 被阅读0次

convert Ensembl=>UCSC conversion
专题：注释与ID转换基本概念
人参考基因组不同版本区别 CRCH37 vs b37 vs hg
2018-07-13
biostar 学习笔记（4-1）--- 认识数据和数据的获取
UCSC ENSEMBL NCBI基因组各个版本对应关系下载地
关于Hisat2的参考基因组和注释文件
人基因组在NCBI、UCSC、ENSEMBL、GENCODE、千
【测序实验】如何从UCSC、RefSeq、Ensembl中下载参
UCSC Genome Browser数据库

awk '{if($1 ~ "^#") {gsub("contig=<ID=", "contig=<ID=chr"); gsub("contig=<ID=chrMT", "contig=<ID=chrM"); print} else {gsub("^MT", "M"); print "chr"$0}}' 1.file > new.file

convert Ensembl=>UCSC conversion
awk '{if($1 ~ "^#") {gsub("contig= new.file
专题：注释与ID转换基本概念
Which source of annotation files to use, Ensembl or UCSC?...
人参考基因组不同版本区别 CRCH37 vs b37 vs hg
NCBI对应UCSC，对应ENSEMBL数据库：GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52...
2018-07-13
The UTF conversion tool is a tool that can convert unicod...
biostar 学习笔记（4-1）--- 认识数据和数据的获取
biostar 学习笔记（4-1）--- 认识数据和数据的获取一常用数据库 NCBI ensembl UCSC...
UCSC ENSEMBL NCBI基因组各个版本对应关系下载地
一、对应关系 NCBI的版本包括GRCh36,37,38，UCSC包括hg18,19,38, ENSEMBL有各种...
关于Hisat2的参考基因组和注释文件
已知Gencode的注释文件（gtf和gff3）都是带“chr”’的，UCSC带“chr”，ENSEMBL不带“c...
人基因组在NCBI、UCSC、ENSEMBL、GENCODE、千
1、人基因组在NCBI、UCSC、ENSEMBL、GENCODE数据库的版本对应在用到人基因组相关信息时，经常用...
【测序实验】如何从UCSC、RefSeq、Ensembl中下载参
以人类参考hg38为例，介绍基因组及注释文件格式一、hg38在三大基因组数据库中的主页 1. UCSC进入UCS...
UCSC Genome Browser数据库
网址 https://genome.ucsc.edu/ UCSC Genome Browser： UCSC基因组...