生信分析9：如何用冲积图表征基因表达量-可及性-组蛋白修饰的关系

作者: 我与生信 | 来源:发表于2023-07-18 23:06 被阅读0次

前一篇推送的文章，作者用冲积图（桑基图）展示了基因表达量-可及性-组蛋白修饰的关系。本次推送将对冲积图（桑基图）展示具体的介绍。

冲积图与桑基图

冲积图（Alluvial plot）：左右没有先后顺序，不存在箭头表示先后，左右的位置可以随意互换。

桑吉图（Sankey diagram）：本质一种流程图，可以有箭头，表示从一个状态流到另一个状态。

该图以基因为单位。

Type_I：G3比Em染色质可及性高、H3K27me3低且表达上调的基因。

Type_II：G3比Em染色质可及性低、H3K27me3高且表达下调的基因，即文章中所说的“组蛋白修饰在基因表达中起着重要作用。特别是高水平的H3K27me3是植物基因沉默的标志。然而，H3K27me3的ChIP-seq数据显示，种子萌发后可及性水平降低的大多数峰与高水平的H3K27me3无关”对应部分。

Type_III：G3比Em染色质可及性更高/低、始终没有K27修饰、基因表达变化未定。

Other：除以上三种之外的所有。

因为是以基因为单位，转录水平定量比较简单，ATAC-seq和K27的ChIP-seq需要从区间定位到基因。

在线绘制桑基图

网址https://hiplot.com.cn/home/index.html

选择“桑基图”，可以绘制多列数据的关系。

用excel构建测试数据。

这篇文章的方法部分作者明确了是以基因为单位作图，所以在此之前我们需要定义哪些基因树与ATAC-seq 上调/下调，哪些是K27的Down/Up/Na/Ns，根据方法部分的描述，可以通过计算差异peak然后对差异peak进行注释来关联基因，可以根据之前的推送《生信分析7：如何利用ATAC-seq数据鉴定转录因子活性》学习。