以编译CDhit为例子

1. 选择从互联网安装

点击setup.exe并点击下一步

2. 选择安装的根目录

3.选择本地软件包目录

4. 选择互联网连接

5. 选择站点

这里我们选择阿里云：

6. 下载编译cpp的插件

分别在搜索栏搜索gcc-core，gcc-g++，gdb，mingw64-i686-gcc-core，mingw64-i686-gcc-g++，mingw64-x86_64-gcc-core，mingw64-x86_64-gcc-g++ 并下载，所有的插件下载都要选择第二项Devel：

以安装gcc-core为例，点击对应的下载版本：

最后点击在桌面创建快捷方式，此时桌面上会出现：

7. 打开cygwin 终端检测插件安装

双击

输入如下命令：

cygcheck -c gcc-core gcc-g++ gdb mingw64-i686-gcc-core mingw64-i686-gcc-g++ mingw64-x86_64-gcc-core mingw64-x86_64-gcc-g++ make cmake

此时代表安装成功

8. 编译项目

下载cdhit的源码压缩包，放置在项目路径 D:/tools/Cygwin，然后进入这个路径：

在当前文件夹解压缩cdhit的源码压缩包，并进入该文件夹，在cygwin的终端输入make zlib=no命令开始编译

编译完成后在终端输入：

，cdhit已经编译成功了

在文件夹D:\tools\Cygwin\cd-hit-v4.8.1-2019-0228中也会出现编译后的cd-hit.exe

以编译TO-GCN为例子

下载后如cdhit所操纵，进入cygwin终端后，进入D:/tools/Cygwin/TO-GCN-master

分别输入:

g++ Cutoff.cpp -o Cutoff.exe
g++ GCN.cpp -o GCN.exe
g++ TO-GCN.cpp -o TO-GCN.exe
g++ TO-GCN-2.cpp -o TO-GCN-2.exe

在终端输入

编译完成