介绍一个网站Genealogical Estimation of Variant Age (GEVA)。网址:https://human.genome.dating
看名字就知道这个网站的功能是评估SNP位点突变年龄。
该网站是今年发表在PLoS biology的一篇文献“Dating genomic variants and shared ancestry in population-scale sequencing data”构建的。
Genealogical Estimation of Variant Age (GEVA)总共评估了4千5百万个位点的突变年龄。
使用的数据来源有TGP(包含26个群体,2504个样本)和SGDP(130个群体,278个样本),参考基因组版本均为GRCh37。
评估突变年龄采用了三个模型:1)基于突变率评估突变年龄的模型,2)基于重组率评估突变年龄,3)联合突变率和重组率评估突变年龄。
网站的使用方式很简单,就如标题的那样,动动手指头就能查询了。
如下图所示:
![](https://img.haomeiwen.com/i17073846/5f62638fa8869d82.png)
如果想查询SNP位点的突变年龄,在左侧红色方框输入SNP位点的dbSNP ID号,俗称的rs号即可。如果是查询基因的突变年龄,则在蓝色方框输入基因即可。
输完以后,右侧会显示三种模型下的突变年龄、均值、中值、98%置信区间年龄。以及不同参考数据下的突变年龄结果。
需要注意的是,这里的突变年龄默认情况下,单位是25年一代。
![](https://img.haomeiwen.com/i17073846/29422ed59010b5e9.jpg)
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