传统方法获取PSSM矩阵通过blast中的PSI-blast进行的,最大的问题在于数据库的下载过程,53G的数据即使是迅雷等加速软件也无法快速进行下载完成。
此处提供一个PSSM数据库:
http://3dcons.cnb.csic.es/submit_form
从此处输入你的蛋白质pdb文件的list,网站会返回你的蛋白质数据列表的PSSM矩阵,不再需要自己本地化跑psi-blast
论文地址:https://www.mdpi.com/1420-3049/22/12/2230/htm
另外:biopython库只提供blast本地化的程序计算PSSM矩阵,因此还是需要自己安装blast以及下载nr.gz蛋白质数据库
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