森林图可视化Cox回归的结果

今天画森林图我之前明明学会了来着，但是一年没用现在又忘记了，人老了，唉！还是写个笔记好。这里以一篇文献里面的森林图为例(PMID: 34285580）。

1. 首先准备以上文献图的单因素或者多因素Cox回归相关数据的表格（表格名称为example forest.csv），如下图

example forest.csv

2. 加载需要的R包并将以上csv文件读入R中，读入R语言后的表格如下所示：

library(forestplot)

exp<- read.csv("example forest.csv",header = F)

表格读入R语言中

3. 对以上结果进行森林图的可视化，代码及输出结果如下，差不多吧。

forestplot(labeltext=as.matrix(exp[,1:3]), #直接显示在图中的文本设置

            mean=exp$V4, #森林图中中间点的位置数据设置

            lower=exp$V5, #森林图的最小值设置

            upper=exp$V6, #森林图的最大值设置

            is.summary=c(T,F,F,F,F,F,F,F,F), #设置重点突出显示的文本（标题等）

            hrzl_lines=list("2"=gpar(col="black",lwd="2")， "10"=gpar(col="black",lwd="2")), #在森林图中添加线条并设置线条的颜色，粗细

            xlab="Hazard Ratio", #设置森林图底部的标签名称

            zero=1, #设置森林图中的标准线，可设置多条

            lwd.zero=2，#设置标准线的粗细

            clip = c(0.8, 3), #设置森林图的误差线范围，超出部分显示为箭头

            xticks = c(1,1.5,2,2.5,3),#设置森林图的下标刻度

            txt_gp = fpTxtGp(label = gpar(fontfamily = "serif"),ticks = gpar(cex = 1), xlab = gpar(cex = 1), cex = 1),#设置文本的字体，字体大小

            boxsize = 0.3, #设置平均数点的大小

            graph.pos = 4, #设置森林图的位置，第四列

            fn.ci_norm = fpDrawDiamondCI, #设置平均数点的类型，有标准、圆等可选

            col=fpColors(line = "black", box="coral1",zero = "cadetblue",), #设置线，点的颜色

            lty.ci = 7, #设置误差线的类型

            lwd.ci = 2, #设置误差线的粗细

            colgap=unit(0.05,"npc"), #设置列之间的距离

            graphwidth=unit(0.2,"npc")) 设置森林图在整个图中的大小

R语言输出结果

补充一个今天学习到的小tips：

使用windowsFonts()查看R语言系统自有的三种字体：serif代表Times New Roman字体，sans代表Arial字体，mono代表Courier New字体。

使用函数：family=“serif”，font=2。