基本逻辑是
1.利用orthofinder进行全基因组水平家族基因鉴定（cafe5需要的输入文件1，需要格式转化）和物种进化树分析；
2.基于orthofinder进化树和序列比对结果，利用r8s构建物种超度量树（cafe5需要的输入文件2，需要格式转化);
3.利用cafe5进行基因家族扩张和收缩分析；
4. itol等软件进行结果可视化和美化；
5.特定家族的基因功能注释与代谢物相关联
参考文献：
1. https://zhuanlan.zhihu.com/p/166080842
2. https://www.jianshu.com/p/8c6ef557cc71
3.https://www.jianshu.com/p/146093c91e2b
4. https://yanzhongsino.github.io/2021/10/29/bioinfo_gene.family_CAFE5/
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本文标题：2023-04-20基因家族鉴定及扩张和收缩分析
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/bqgljdtx.html
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