本文会持续更新，到华夏儿女可以乘共和国朝发夕至的高铁自由见证这片河山的美好之时！
前言
疫情肆虐之初，矜矜业业的科研工作者夙兴夜寐测出参考基因组，为了时效自己未发文章就把数据公开到了NCBI，没想到真有恬不知耻的学术投机者用别人公开的数据迅速拼凑文章，甚至骗取了10W+点击率。我和我的同学们都太气愤了，所以我腊月二十九请假一天写了一篇科普帖，告诉大家同行眼里的那篇文章有多不堪，作者毫无学术道德和知识分子担当的行径有多恶心。
我相信每一个从业者都明白，生物行业其实是一个劳动密集型行业，这句话就够了。国难当头，语言暴力和情绪宣泄并不能提供任何帮助。
目前网上还没有连续的学术进展报道，所以，我想，尽我所能，汇总疫情公布以来谷歌学术可以搜到的所有学术论文，用最通俗的语言传达或优质或垃圾的学术信息。虽然叫研究进展，但不是综述，只是文献的简单阐述，每篇文献之间没有逻辑连接。优先病毒学研究，临床靠后，因为目前的41篇文献太多了，我只能先选择我熟悉的领域来理解和翻译然后再转述。优先国内研究，国外靠后，因为国内样本充足，数据共享更及时。只是抛砖引玉，欢迎同仁提出宝贵意见，共同完善。
不包括中文文献，请相信我，目前发的新型病毒相关的所有中文文献都是学术垃圾。
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截止2020年1.27晚上10点，有41篇文献包括4篇WHO指南，若干报告，少数的paper。我会按照自己理解的重要性依次介绍。
框架
目前我想着每篇文献应该会包括：（1）通俗化地翻译论文内容（2）发文单位及通讯作者介绍（3）作为同行我和我好朋友们的意见。
鸣谢
谢谢我的好朋友Dr Liu，佳怡，我的妹妹心儿帮忙翻译文献。
注：除了妹妹18岁，top3大学在读；其余二位是医疗行业、测序行业三年从业者。后续我会拉更多同学同事一起做这件事情，也欢迎有心的同学加入我们，留言或者私信我皆可。*
正文
0.复旦大学张永振教授公开新型冠状病毒基因组，未发表文章
链接：http://virological.org/t/novel-2019-coronavirus-genome/319
时间：2020.01.10
作者：复旦大学生物医学研究院教授，兼复旦大学上海公共卫生临床中心教授，及中国疾病预防控制中心传染病预防控制所研究员张永振博士
简历见http://ibs.fudan.edu.cn/peoplemore.php?id=330&tid=3
机构：见简历，可以看出张教授确实是公卫和流病学的大佬，身兼三职，也是真名士。
内容：
简单粗暴，这是新病毒的参考基因组，是目前所有关于新型冠状病毒研究的基石，从0到1。
感谢张教授的名士风度，没有发表论文就把数据公开了，非常时期时间就是生命，全球的研究人员可以迅速以此为基础展开抗原研究。
1.Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission【武汉新型冠状病毒的进化来源和传染人的分子作用通路】
链接：http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SCLS/doi/10.1007/s11427-020-1637-5?slug=fulltext
时间：2020.1.20
作者：中国科学院上海巴斯德研究所郝沛研究员、军事医学研究院国家应急防控药物工程技术研究中心钟武研究员和中科院分子植物卓越中心合成生物学重点实验室李轩研究员
机构：如上，嗯，我们都懂，一个本科生可以完成的作业，三个通讯作者，劳动密集型行业突然掉下来一块肥肉，就着人血馒头是不是很好吃？
内容：
这就是业内臭名昭著，阅读量很吓人的哗众取宠之作。主要内容利用别人的数据和开源软件做了序列比对和结构预测。文章内容的第一个部分就是用张教授的数据和已有的基因组数据做比对，得出新型病毒和他们的相似度，然后按照相似度从高到底选一批，做一个进化树，显示和SARS同源度很高，和某种蝙蝠身上的冠状病毒最相近；第二部分的内容是蛋白结构预测，也是利用开源数据库，以SARS蛋白为模板，Swiss建模，说一些模棱两可的话，因为生信方面能阐述的蛋白结构太有限了。如果可以让谷歌AI预测的话，我倒是很期待会不会和真实的结构相似一些。
文章的标题分子通路的研究就更扯了，短短五天，他们连毒株都没有就敢写这么大的标题，要知道分子通路的验证是要做荧光标记，表达定量等等一系列实验。
全文maybe 、可能、probably，等等词汇遍布conclusion，我上篇博文有详述每个步骤，每人拥有电脑都可以做出类似的“前沿研究”，真的没有丝毫的科研价值。（https://www.jianshu.com/p/1e99de9e9fb6）。
一般这种类似的生物信息学分析发文流程是，发现新病毒，组装基因组，分析，用自己的数据发论文。但这次张教授团队为了疫情早日控制，没有发论文就把数据公开了，结果被人投机倒把沽名钓誉，是个人都得寒心吧。
唯一值得安慰的是作者良心未泯，在文末致谢有提“感谢中国疾病预防控制中心国家病毒性疾病预防控制所（基因组共享者张永振教授的单位）；中国科学院武汉病毒研究所；中国医学科学院北京协和医学院病原生物学研究所；武汉金银滩医院”。是否授权不得而知，但这不影响这篇文章是学术垃圾，研究人员是发国难论文的垃圾学者。
与此类似的还有某南开大学高山和他带的本科生，太恶心了，实在没心思介绍。疫情如此严重的国情下，复旦大学和南开大学为此还撕破了脸皮互怼，某校真是丢尽了知识分子的脸。
我们能做的就是往后别引用这篇文献，让猴子屁股一直在那晾着。
2.WHO指南（5篇）
WHO指南（目前有5篇）分别为：
（1）【实验室检测疑似新型冠状病毒感染患者的指南】
链接：https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/330374/WHO-2019-nCoV-laboratory-2020.1-eng.pdf
时间：2020.1.10
（2）【新型冠状病毒（nCoV）疑似感染的监测病例定义】
链接：https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/330376/WHO-2019-nCoV-Surveillance-v2020.1-eng.pdf
时间：2020年1月
（3）【医务人员护理疑似新型冠状病毒（nCoV）的感染预防和控制】
链接：https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/330375/WHO-2019-nCoV-IPC-v2020.1-eng.pdf
时间：2020年1月
（4）Clinical management of severe acute respiratory
infection when novel coronavirus (nCoV) infection is
suspected【武汉新型冠状病毒肺炎临床处理规范】
链接：https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/clinical-management-of-novel-cov.pdf?sfvrsn=bc7da517_2
时间：2020.1.12
（5）Risk communication and community engagement
(RCCE) readiness and response to the 2019 novel
coronavirus (2019-nCoV)【2019年新型冠状病毒（2019-nCoV）的风险沟通和社区参与（RCCE）的准备和应对】
链接：https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/330377/WHO-2019-nCoV-RCCE-v2020.1-eng.pdf
时间：2020.1.26
因为本文主旨是学术前沿介绍，所以将本部分单独成篇，详细介绍，见链接https://www.jianshu.com/p/5ef078e209ba
此外，为做好全国新型冠状病毒感染的肺炎防控工作，中国疾病预防局在1.22号发布了新型冠状病毒感染的肺炎防控方案。链接http://www.nhc.gov.cn/jkj/s3577/202001/c67cfe29ecf1470e8c7fc47d3b751e88.shtml
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大家可以下载以下四个文件了解预防控制的具体措施，包括新型冠状病毒感染的肺炎病例监测方案（第二版）；新型冠状病毒感染的肺炎病例流行病学调查方案（第二版）；新型冠状病毒感染的肺炎可疑暴露者和密切接触者管理方案（第二版）；新型冠状病毒感染的肺炎实验室检测技术指南（第二版）以及解读《新型冠状病毒感染的肺炎防控方案(第二版)》。不需要挨个去看WHO的英文文件。
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3.A mathematical model for simulating the transmission of Wuhan novel Coronavirus 【模拟武汉新型冠状病毒传播的数学模型】
链接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.19.911669v1.full
时间：2020.1.19
作者：陈天木等
机构：厦门大学国家重点实验室，中国科学院深圳先进技术研究院，北京建筑大学合作
内容：
作者开发了Bats(蝙蝠)-Hosts（宿主）-Reservoir（潜在中间体）-human（人）传播网络模型，用于模拟从感染源（可能是蝙蝠）到人类感染的传播模式。由于Bats-Hosts-Reservoir网络很难清晰地探索，并且公众关注的重点是从海鲜市场到人的传播，因此作者将模型简化为Reservoir-People传播网络模型。从RP模型计算出基本繁殖数（R0）以评估2019-nCoV的传播能力。
假设该病毒在蝙蝠种群之间传播，然后传播到未知宿主（可能是野生动物，某种野味）。有人猎杀了寄主并将其送往被定义为Reservoir的海鲜市场。接触市场的人有感染的风险。
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初始的四个步骤的模型参数太多了，可以简化为Reservoir-People，有若干假设，
比如，Bats-Host的传播被忽略；市场进口量用一个脉冲函数表示，然后将BHRP模型简化为RP模型：
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在暴发期间，人口的自然出生率和死亡率处于较低水平。但是，由于农历新年，人们通常会进出武汉市。因此，也考虑了春运，n P和m P分别是指进入武汉市和离开武汉市的人口比率。
结果
使用基本繁殖数（*R 0）评估了2019-nCoV的传播能力。通常，R 0被定义为将单个感染个体引入原本容易感染的人群中导致的继发感染的预期数量。如果R 0 > 1，则会发生疫情爆发。如果R *0 <1，则疫情爆发将结束。
解方程得无病平衡点为：
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病毒传到下一代时
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然后，将各项参数代入*R *0，可得基本繁殖数。
各项参数的意义见下表：
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4.Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China【中国武汉市2019年新型冠状病毒感染患者的临床特征】
链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0140673620301835
时间：2020.2.24
作者：黄朝林等（几乎都是一线医生）
机构：金银潭医院，中日友好医院，北京协和医学院，中国医学科学院呼吸医学研究所，首都医科大学附属呼吸内科，首都医科大学附属北京地坛医院传染病临床研究中心等
内容：
这是第一篇针对病毒爆发以来第一篇临床数据的总结。内容包含41名阳性患者的流病、临床、实验室、放射学数据以及治疗方法及临床结局。
方法
RT-PCR，NGS测序获得基因数据；与患者家人沟通确定流病及症状数据；还比较了ICU和非ICU患者的不同结局。
宏观发现
截止2020年1月2号，有41名入院患者具有实验室确认的2019-nCoV感染。大多数感染的患者是男性（41人中有30人[73％]）；不到一半的人患有基础疾病（13 [32％]），包括糖尿病（8 [20％]），高血压（6 [15％]）和心血管疾病（6 [15％]）。中位年龄为49.0岁（IQR 41.0–58.0）。41例患者中有27例（66％）曾接触过华南海鲜市场。发现一个家庭群感染。发病时的常见症状为发烧（41例患者中的40例[98％]），咳嗽（31例[76％]）和肌痛或疲劳（18例[44％]）；较不常见的症状是痰液产生（39的11 [28％]），头痛（38的3 [8％]），咯血（39的2 [5％]）和腹泻（38的1 [3％]）。40名患者中有22名（55％）出现了呼吸困难（从发病到呼吸困难的中位时间为8天。41名患者中有26名（63％）患有淋巴细胞减少症。全部41例患者均患有肺炎，胸部CT检查发现异常。并发症包括急性呼吸窘迫综合征（12 [29％]），RNA aemia（6 [15％]），急性心脏损伤（5 [12％]）和继发感染（4 [10％]）。13例（32％）患者被送入ICU，6例（15％）死亡。
与非ICU患者相比，ICU患者的血浆IL2，IL7，IL10，GSCF，IP10，MCP1，MIP1A和TNFα更高。13例（32％）患者被送入ICU，六例（15％）死亡。与非ICU患者相比，ICU患者的血浆IL2，IL7，IL10，GSCF，IP10，MCP1，MIP1A和TNFα更高。13例（32％）患者被送入ICU，六例（15％）死亡。与非ICU患者相比，ICU患者的血浆IL2，IL7，IL10，GSCF，IP10，MCP1，MIP1A和TNFα更高。
研究方法略，统计Fisher检验
统计结果
年龄分布
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发病时间
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临床数据略，可直接查文献，因为对一般人没有意义，呼吸频率收缩压这些普通人自己测不了。
入院时，在所有患者中均检测到胸部CT图像异常。在41例患者中，有40例（98％）有双侧受累。ICU患者入院时胸部CT图像的典型发现是双侧多发性小叶和亚节段巩固区（[图3A]。非ICU患者的代表性胸部CT检查表现为双侧毛玻璃样混浊和段下巩固区（[图3B]）。后来的胸部CT图像显示双侧毛玻璃样混浊，而固结已消除（[图3C]。
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讨论部分
我们在这里报告了41名实验室确认的2019-nCoV感染患者的队列。患者患有严重的肺炎，有时甚至是致命的肺炎，于2020年1月2日之前被送往中国武汉的指定医院。临床表现与SARS-CoV非常相似。重症患者发展为ARDS，需要ICU入院和氧气治疗。从入院到ARDS的时间短至2天。在此阶段，由于该队列的41名患者中有6名（15％）死亡，因此2019-nCoV的死亡率很高。
死亡人数正在迅速增加。截至2020年1月24日，中国报告了835例实验室确认的2019-nCoV感染，其中25例死亡。在中国许多省份以及其他国家已经发布了有关出口病例的报告；武汉也有一些医护人员被感染。综上所述，迄今为止的证据表明，2019-nCoV可能已经具备了有效的人类传染能力。强烈建议采取预防措施，例如经过N95防毒面具和其他个人防护设备。为防止该疾病在正在照顾受2019-nCoV感染的患者的卫生保健机构中进一步传播，应在卫生保健工作者中严密监测发烧和呼吸道症状的发作。一旦疑似，应立即进行呼吸道标本测试。在暴露于2019-nCoV的医护人员中应对血清抗体进行测试，以鉴定无症状感染。
已经注意到2019-nCoV和先前的β冠状病毒感染之间的临床特征相似。在该队列中，大多数患者在胸部CT扫描中表现为发烧，干咳，呼吸困难和双侧毛玻璃状混浊。2019-nCoV感染的这些特征与SARS-CoV和MERS-CoV感染有些相似。然而，很少有患者2019-nCoV感染有显着的上呼吸道症状和体征（如流涕，喷嚏，咽痛），表明靶细胞可能位于下呼吸道。此外，2019-nCoV患者很少出现肠道体征和症状（例如腹泻），而约20–25％的MERS-CoV或SARS-CoV感染患者患有腹泻。应当对粪便和尿液样本进行测试，以排除现阶段未知的潜在传播途径。【目前没有媒体报道这一点】
尸检或活检研究将是了解该疾病的关键。
在我们的41名经实验室确认的2019-nCoV感染患者中，极少有非ICU病例使用了皮质类固醇，对不到一半的重症ARDS患者使用了中低剂量的皮质类固醇。迫切需要进一步的证据来评估系统性皮质类固醇激素治疗对2019-nCoV感染患者是否有益。【写这段是因为当年SARS糖皮质治疗的争议】
没有证明冠状病毒感染的抗病毒治疗有效。临床前证据表明，雷姆昔韦（广谱抗病毒核苷酸前药）治疗MERS-CoV和SARS-CoV感染的有效功效。由于2019-nCoV是一种新兴病毒，因此尚未开发出有效的方法来治疗由该病毒引起的疾病。由于指定医院已经可以使用lopinavir和ritonavir的组合，因此已迅速启动了一项随机对照试验，以评估lopinavir和ritonavir联合使用对2019-nCoV感染住院的患者的疗效和安全性。【已开展对lopinavir和ritonavir组合治疗的临床试验验证】
据认为，SARS-CoV和MERS-CoV均起源于蝙蝠，这些病毒分别从市场上的野猫和单峰骆驼直接传播给人类的。对SARS-CoV和MERS-CoV的广泛研究推动了蝙蝠中许多SARS状和MERS状冠状病毒的发现。2013年，文献指出蝙蝠中具有SARS样冠状病毒的完整基因组序列，该序列具有结合人ACE2作为受体的能力，因此在人细胞中具有复制潜力。2019-nCoV成为全球健康威胁，仍需要深入研究。
5.A novel coronavirus outbreak of global health concern【全球卫生关注新型冠状病毒爆发】
链接：https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30185-9/fulltext
时间：2020.1.24
作者：陈望，高福等
机构：中日友好医院呼吸内科重症医学科，国家呼吸系统疾病临床研究中心，中国医学科学院北京协和医学院，中国医学科学院呼吸医学研究所，首都医科大学附属呼吸内科
内容：这是一篇通讯，和编号4的作者是同事，宏观介绍了疫情发展，高福院士也是作者之一哦。
第一段介绍了1.23号之前疾病的发展
2019年12月，中国湖北省武汉市成为原因不明的肺炎暴发的中心，在中国国内，在国际上引起了广泛关注。中国卫生部门立即进行了调查，隔离疑似患者，密切监测接触者，从患者那里收集流行病学和临床数据，制定诊断和治疗程序。到2020年1月7日，中国科学家从武汉市的患者体内分离出一种新型冠状病毒（CoV）。得到基因序列后RT-PCR诊断测试成为可能。2019-nCoV的病例不再仅限于武汉。迄今为止，泰国，日本，韩国，美国，越南和新加坡已经报告了9例2019-nCoV感染的出口病例，并且有可能通过航空旅行进一步传播。截至2020年1月23日，在中国32个省，市和特别行政区（包括香港，澳门和台湾）连续报告了确诊病例。Jasper Fuk-Woo Chan及其同事报告说，这些病例在武汉以外地区被发现，并在至少一个家庭群中被检测到感染。【这就是我编号6的论文研究的家庭患病案例】截至2020年1月23日，中国共发现835例实验室确诊的2019-nCoV感染病例，其中25例死亡，93％仍留在医院。
论文公开了早期爆发时候的时间线
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论文第二段和第三段是回溯编号4的文章的41例病例，看来果真是同事，数据都共享。这为这种人畜共患病毒病原体提供了适应性，使其更有效地在人与人之间传播，并可能变得更具毒性。
第四段是讲病毒结构
作为一种RNA病毒，2019-nCoV仍然具有高突变率的固有特征，尽管像其他冠状病毒一样，由于其基因组编码的核酸外切酶，其突变率可能会比其他RNA病毒低一些。
第五段讲了和中东呼吸综合征的临床特征，回溯了SARS
在21世纪以前发生过两次冠状病毒爆发。持续进行的2019-nCoV爆发无疑已引起人们对17年前开始的SARS-CoV爆发的记忆。2002年11月，在中国广东省报告了原因不明的肺炎簇，现在称为SARS-CoV暴发。第二年，SARS病例数在中国大幅增加，随后又在全球蔓延，感染至少8096人，造成774人死亡。*
6789段写了公卫采取的措施
在正常情况下，今年春节旅行热潮中，预计会有30亿人次出行，其中武汉有1500万人次。在这个节日期间，该病毒可能会进一步传播到其他地方并引起流行病，特别是如果它已具备在人与人之间有效传播的能力。（作者在这用的是if虚拟语气，不知道此时是否确定可以人传人）
WHO尚未建议任何国际旅行限制。武汉地方政府于2020年1月23日宣布暂停公共交通，并关闭城市的机场，火车站和高速公路，以防止进一步的疾病传播。为了提高检测效率，除了当地的疾病控制和预防中心外，一线诊所还应配备经过验证的即时诊断盒子。
【套路结尾】快速信息公开是疾病控制和预防的重中之重。中国已经建立了每日新闻发布系统，以确保有效和有效地公开流行病信息。应开展教育运动，以促进旅行者的预防措施，包括经常洗手，咳嗽礼仪以及在访问公共场所时使用个人防护设备（例如口罩）。此外，还应激励公众报告发烧和其他冠状病毒感染的危险因素，包括到受影响地区的旅行历史以及与确诊或疑似病例的密切接触。
迄今已确认16名卫生保健工作者（其中一些在同一病房工作）感染了2019-nCoV。【此文的消息来源是2020.1.22的WHO报告】
最后一段讲的是疫苗研制以及临床方案【和上篇文章一样】
病毒遗传序列的可用性以及2019-nCoV感染的流行病学和临床后果的初步数据只是了解这种病原体构成的威胁的第一步。许多重要问题尚未得到解答，包括其起源，程度和在人类中传播的持续时间，感染其他动物宿主的能力以及人类感染的范围和发病机理。
分离毒株【连续几代传染，持续且稳定的毒株】将是更新诊断方法和评估病毒进化的关键。
目前仍在进行针对MERS-CoV的临床试验，但尚无在人类中证明有效功效的特定冠状病毒抗病毒药或疫苗，并且已针对2019-nCoV开展了一项利托那韦增强洛匹那韦单药治疗的对照试验（ChiCTR2000029308）。未来的动物模型和临床研究应集中于评估有前途的抗病毒药物，单克隆和多克隆中和抗体产品以及针对免疫病理宿主反应的疗法的有效性和安全性。
6.A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-person transmission: a study of a family cluster【显示人传人的一例2019年新型冠状病毒相关的家族性肺炎：家庭群聚研究】
链接：https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30154-9/fulltext
时间：2020.1.24
作者：陈碧玉prof【中国香港】这项研究得到了邵逸夫基金会的部分支持，私心就想把邵先生打上
ps.这篇的作者和内容和CDC毫无关系的，甚至测序方式都不一样，请diss高福的时候不要加上。
机构：中国香港特别行政区薄扶林香港大学李嘉诚医学院微生物学系新兴传染病国家重点实验室，余嘉乐感染中心;香港深圳大学附属医院临床微生物学和感染控制系
内容：这是一例家族传染病例的研究。我会详细介绍。
Introduction
中国湖北省卫生委员会于2019年12月31日首次宣布了一系列原因不明的肺炎病例。最初报道了27例患者，随后于2020年1月11日修订为41例，其中7例严重病例，一例死亡。据报道有些患者的影像学检查显示有玻璃镜下的肺部改变；正常或低于平均白细胞淋巴细胞和血小板计数；低氧血症 和肝肾功能异常。据说其中大多数与华南海产品批发市场在地理上有联系，随后，有记者报道称华南海产品批发市场销售的是新鲜宰杀的野味动物。迄今为止，科学文献中尚未发表任何人际传播或受影响的医护人员的证据。【至少在写文章的时候，香港这位教授不知道人传人】中国卫生主管部门表示，这些患者最初对常见的呼吸道病毒和细菌进行了阴性测试，但随后对新型冠状病毒进行了阳性测试。该病毒很快被许多中国科学家分离出来，并对其基因组进行了测序。世卫组织暂时将该病毒命名为2019年新型冠状病毒（2019-nCoV）。在这里，我们报告了深圳的五名患者的家族群的流行病学，临床，放射学，实验室和基因组学发现，他们有去武汉的历史，而另一位没有去武汉的家庭成员。
研究方法
患者两名志愿者，细节如下：2020年1月10日，我们最初招募了两名患者，他们最初接受X线胸片检查时出现发烧，呼吸道症状和肺部浸润，就诊机构为香港深圳大学附属医院（中国广东省深圳市）。随后，在2020年1月11日至2020年1月15日期间，该家庭的其他五名成员也到我们医院评估了他们的健康状况。
呼吸和腹泻病原体检测
反转录，实时定量PCR，测序
全基因组测序和基因组分析测序机器是牛津纳米孔OxfordNanopore，内地数据基本都是illuminaMiseq
系统发育树构建MEGA-X软件，极大似然法，因为采取的扩增子测序，妈妈呀，我终于找到自己的专业领域了。
结果
由6位患者组成的家庭群（1至6位患者）于2019年12月29日从深圳飞往武汉，并于2020年1月4日飞往深圳。根据中国卫生主管部门的说法，该旅行时间与武汉市第一例肺炎（症状发作于2019年12月12日）宣布后的时间段重叠。他们没有与动物接触的历史，也没有参观过包括武汉华南海鲜批发市场在内的市场，也没有在餐馆吃野味的历史。整个旅行过程中，一家人住在同一家酒店。患者1和2住在一个房间，患者3–6则住在另一个房间。在患者4在2020年1月1日发烧和腹泻之后，患者5和6与患者1和2呆在同一房间，患者3与患者4呆在一起。患者1-6与亲戚见过（亲戚2-5），在武汉逗留期间，每天有一位女表亲和病人3的3位阿姨在武汉吃饭。患者4经常访问湿市场（原文是wet market,不知道该怎么翻译），但没有去过华南海鲜批发市场，卫生部门曾暗示该市场是流行中心。自2020年1月4日起，亲戚2至5出现发烧，咳嗽和虚弱。患者1和3于2019年12月29日在武汉一家医院探望了接受高热性肺炎治疗的亲戚1（1岁）以及亲戚2的儿子（亲戚2在亲戚1陪同下过夜）；亲戚1之后康复，并于2019年12月31日出院。患者3（而非患者1）在医院就诊时戴了口罩。潜伏期估计为3至6天。患者1-4有症状，仅在症状发作后6-10天才到我们医院（香港大学深圳医院）就诊。对于两个无症状的儿童（患者5和6），患者5具有通过CT扫描确定的毛玻璃样肺部混浊。与年龄10岁且不符合父母指导的5号患者不同，6号患者 在武汉期间，她的母亲报告她大部分时间戴着手术口罩，年龄为7岁，她没有被病毒学或放射学调查所感染。患者6的血液检查和CT扫描正常。在2020年1月4日返回深圳后，患者3–6一直住在患者7（患者4的母亲）家，直到2020年1月11日。患者7没有去武汉或去深圳的集市，此前14天出现背部疼痛和全身无力，并于2020年1月8日在另一家当地医院的门诊就诊。她接受了头孢克洛治疗3天，但无改善。出现发烧和干咳，并在同一家门诊就诊，并于2020年1月12日接受静脉注射头孢唑啉（两剂）治疗。于2020年1月15日入院，在CT扫描的6例肺浸润患者中（患者1-5和7），男性为3例，女性为3例，年龄在10-66岁之间四个患有慢性合并症，五个有发烧史。三名年龄较大的患者（年龄> 60岁：患者1、2和7）有干咳和全身无力。病人4有生产性咳嗽。患者3和4是较年轻的成年人，有腹泻和上呼吸道症状，包括喉咙痛，鼻塞和鼻涕。患者3也有胸膜炎胸痛。除患者4外，所有六个患者的白细胞总数均正常或低于平均水平。三名老年患者（患者1、2和7）均具有显着升高的C反应蛋白，纤维蛋白原和乳酸脱氢酶水平。患者1和2也有淋巴细胞减少，轻度血小板减少症和延长的活化凝血活酶时间。所有6例患者均表现出多灶性斑玻璃样混浊，没有其他肺部充血，纤维化或癌症的临床或影像学改变可解释这些毛玻璃样肺部改变，或致密性巩固，胸腔积液，淋巴结肿大或纵隔纵隔的影像学改变。
以下是患者的经历图示：
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胸部CT扫描的代表性图像显示患者1（A），患者2（B），患者3（C）和患者5（D）的肺部多灶性玻璃样改变
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在用于18个呼吸道病毒和四个细菌靶标的两个多重PCR系统上，所有呼吸道样本均为阴性。在常见腹泻病毒，细菌和寄生虫的多重PCR分析中，来自前3次和第4次腹泻的患者的两个粪便样本呈阴性。通过常规RT-PCR，患者1、2、4、5和7的呼吸道样本的RdRp和S基因均为阳性，通过实时RT-PCR的S基因均为阳性，均通过Sanger测序证实扩增子尽管患者3的呼吸道样本的两个RdRp均为阴性和S基因（在症状发作后9天收集），因为她在流行病学上与武汉医院的暴露密切相关，并且在放射学上显示出多灶性毛玻璃样肺部混浊，因此仍被视为感染病例。【没有按照PCR的标准定】对于这种新型冠状病毒，只有患者2的血清样本为阳性，而其他所有患者的血清，尿液和粪便样本均为阴性。对PCR产物的系统进化分析表明，这五位患者的RdRp和S基因的扩增子序列都是新的，并且与其他已知的人或动物冠状病毒，包括SARS和蝙蝠SARS相关的冠状病毒不同。
所有六名患者均在隔离，支持治疗的情况下入院，截至2020年1月20日保持稳定。
接下来一部分是进化树分析和参考基因组与近源物种的比对，probably没有什么科研意义。省略。
讨论
我们在这里报告了家族性原因不明的肺炎。七名家庭成员中有六名发生了病毒性肺炎的放射学改变，其中五名（患者1、2、4、5和7）通过RT-PCR检测出2019-nCoV呈阳性。五位患者（患者1、2、3、4和7）在出现时具有相关症状。来自患者2和5的两个菌株的完整基因组序列彼此之间显示出几乎完全的核苷酸同一性，并且最接近于2018年报道的与蝙蝠SARS相关的冠状病毒。存在几种可能的传播情况：第一种也是最可能的情况是，一名病毒学记录的肺炎患者（患者1）在拜访亲戚时从武汉医院感染（亲属1），然后患者1-5在返回深圳时将病毒传播给了患者7。第二种情况是，1-5号病人是直接从亲戚2-5人那里感染的，并在返回深圳后将其传染给7号病人。但是这种情况发生的可能性较小，因为1至5的患者在亲属2至5之前出现症状。第三种情况是，患者1-5是从武汉的一个未知的共同来源获得的感染，并在回到深圳后将其传播给患者7。对于患者的亲属（亲戚2至5），他们可能是从医院或社区感染的，尽管无法进行病毒学确认，也没有动物接触，野味或去华南海鲜批发市场。值得注意的是，曾到武汉医院就诊的患者1或患者3可能在症状发作之前就具有传染性，因为患者5正在排出病毒而没有症状。【有学者第一次在文献中提出潜伏期会传染】
这种新型冠状病毒性肺炎的许多流行病学，临床，实验室和放射学特征与2003年的SARS患者相似。武汉肺炎的潜伏期与SARS相似。如果我们将这5例患者（患者1、2、3、4和5）纳入CT扫描的原因不明的肺部玻璃底放射学改变作为该家族的病例，则其发作率非常高，前往武汉后83％感染。在父母坚持下，从患者5的肺部CT扫描中得出的一个相当意外的发现，也显示了毛玻璃样肺炎的改变。病人5后来被病毒学确认为无症状感染。尽管无症状的SARS患者很少见，但我们在广州野生动物市场重新开放后，2004年SARS爆发中的回顾性研究中记录了这些患者。值得注意的是，患者3和4在到我院就诊时出现发热。这些疑似病例可能是传播疫情的可能来源。有必要对这些无症状病例的流行病学意义进行进一步研究。
这种新型肺炎的症状也是非特异性的。该家族中有合并症的三名年龄最大的患者出现了更严重的全身症状，包括全身无力和干咳。如预期的那样，它们的总白细胞，淋巴细胞或血小板计数可能减少，活化的凝血活酶时间延长，C反应蛋白水平升高。肺部CT扫描显示的多焦点磨玻璃改变是病毒性肺炎的典型特征。与年轻患者的血液检查结果基本正常相比，他们的肺部受累也更弥散和广泛。有慢性鼻窦炎病史的患者4，可能因他有生产性咳嗽而不是干咳而患有细菌感染。尽管细菌测试为阴性，但他的白细胞计数也很高。
有趣的是，这两个年轻人（患者3和4）最初患有腹泻，在我们报告的SARS患者中也有10％（6％）（142名中的15名）有腹泻。然而，在腹泻长期消退后，在症状发作后9-10天收集的患者3和4的后续粪便样本对该病毒呈阴性。多达30％的中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）患者也有腹泻。在MERS患者的粪便样本中发现了指示病毒复制的亚基因组RNA。 此外，MERS-CoV在模拟喂养的胃肠液中存活，并具有感染肠道类器官模型的能力。在动物和人类的冠状病毒感染中，腹泻和胃肠道受损是共识。
在微生物学测试中，我们没有发现其他已知的呼吸道病毒或细菌感染，而是针对两个基因组靶标（高度保守的RdRp）进行了特定的RT-PCR分析以及高度可变的S基因，显示对于这种新发的2019-nCoV呈阳性。从患者2的鼻咽拭子和患者5的痰样品中回收了该新型冠状病毒的两个完整基因组序列，其循环阈值越早，表明病毒载量越高。与其他患者相比，患者2具有更多的潜在合并症和临床特征以及更严重疾病的放射影像学发现。此外，患者2的血清样本中的2019-nCoV也是阳性的，这可能表明一些病毒从感染较严重的肺部溢出到全身循环中，如先前在SARS患者中报道的那样。【这篇文章和内地报告不同的是既有临床，又有实验，还有合理推测，与SARS的比较。可能是政策更宽松的原因。】5号和7号患者可用于检测痰液样本。痰液样本的循环阈值比咽拭子的循环阈值早8–13个循环，表明在下呼吸道中检测到较高的病毒载量。这一发现与在下呼吸道样本中病毒载量高于上呼吸道样本中的MERS患者的观察结果一致。因此，在临床可疑病例中，有必要对上呼吸道样本进行重复测试或对下呼吸道样本进行测试，而最初的结果是鼻咽或咽拭子阴性。与我们在2003年SARS爆发中的患者不同，我们没有发现这六名患者尿液和粪便中病毒脱落的迹象。但是，必须改进系统的系列收集并测试数量增加的此类样品。【还记不记得编号4的文献聊的粪便，这篇文章补充了。】
冠状病毒是能够快速突变和重组的有包膜的单链RNA病毒。α型冠状病毒和β型冠状病毒，具有蝙蝠的基因来源，主要存在于蝙蝠，啮齿动物，小动物和人类等哺乳动物中。γ-冠状病毒和δ-冠状病毒，有来自鸟类的基因来源，主要存在于鸟类中。
对我们6例患者中5例的PCR扩增子片段以及2例和5例患者29.8 kb的完整病毒基因组进行系统进化分析，结果表明该病毒是一种新型的β冠状病毒，属于β或sarbecovirus亚类，也包括人类SARS冠状病毒。我们的病毒株的基因组在系统发育上最接近于蝙蝠SARS相关冠状病毒，最早发现于2015年至2017年间在中国浙江省舟山市捕获的中国马蹄蝠Rhinolophus sinicus中。【这是第一次提出马蹄蝠的文献，目前已更新到菊头蝠，理解一下文献3的模型，bats不重要，重要的是中间宿主】
完整的病毒基因组与bat-SL-CoVZC45具有约89％的核苷酸同一性，这使其成为一个新物种。此外，我们病毒的Spike蛋白与bat-SL-CoVZC45冠状病毒具有84％的核苷酸同一性，与人SARS冠状病毒具有78％的核苷酸同一性。尽管此和其他β冠状病毒之间存在着实质性的遗传差异，但如前所述，如果引物和抗原表位未精心选择，则可能会在RT-PCR或SARS或其他β冠状病毒的抗体检测中发生交叉反应。有必要对最佳诊断测试进行进一步研究。【这部分内容是纯生物，很简单的开源软件比对，我上篇博文有介绍】
总之，2019-20冬季，武汉正在爆发新型冠状病毒。与2003年广州爆发的SARS相似，武汉也是湖北省的一个快速发展的省会城市，也是中国中部的交通枢纽。此外，这两次疫情最初都与海鲜市场有关，那里出售野味和肉类。就非典而言，人与人之间的传播是有效的，超级传播事件曾经导致旅馆和医院大面积爆发疫情。从SARS中吸取教训，所有野味贸易都应得到最佳监管，从而终止这种传播门户。如本研究所示，尽早隔离患者并跟踪和隔离接触仍然至关重要，因为似乎可能出现无症状感染（如我们的一名患者所示）。
与2003年SARS暴发不同，中国良好的监视网络和实验室能力能够在几周内识别出这种疫情，并宣布了病毒基因组序列，这将有助于快速诊断测试和有效的流行病学控制。我们的研究表明，这种新型冠状病毒可以在家庭或医院中进行人与人之间的传播，并且可以在城市间传播，因此在这种流行的早期阶段就应采取警惕的控制措施。【tooyoung了】
完结撒花【强烈建议各位仔细阅读这篇，即使不是强传染性病毒，这也是一篇很优秀的追根溯源的文章，配得上柳叶刀IF45】
7.A Novel Coronavirus Emerging in China — Key Questions for Impact Assessment【中国兴起的新型冠状病毒—影响评估的关键问题】
链接：https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMp2000929
时间：2020.1.24
作者：Vincent J.Munster，Ph.D.
机构：来自美国国立卫生研究院国家过敏和传染病研究所病毒学实验室，密西根州汉密尔顿（VJM，ND，EW）；荷兰鹿特丹伊拉斯姆斯医学中心病毒科学系（MK，DR）。
内容：选取一篇国外学者对本次病毒的看法。
大部分都是概述，以及与MERS,SARS的比对，我简要抄几句重要的粘贴一下。
**来自中国，泰国，韩国和日本的最新信息表明，与SARS和MERS相比，与2019-nCoV相关的疾病似乎相对较轻。
疾病的严重程度是病毒传播能力以及我们识别感染者并加以控制的能力的重要间接因素。
从2019-nCoV开始的亚临床或轻度疾病是否也与病毒传播风险降低相关，尚待确定。
使用相同受体（ACE2）的两种冠状病毒-NL63和SARS-CoV-引起不同严重程度的疾病。NL63通常会导致轻度的上呼吸道疾病，并且在人类中很流行，而SARS-CoV会导致严重的下呼吸道疾病，病死率约为11％。SARS-CoV最终通过症状监测，隔离患者以及隔离他们的接触者而得到遏制。因此，疾病的严重程度不一定与传播效率有关。
SARS时期医院内超级传播事件似乎导致了卫生保健机构内部和之间的大规模爆发。
**
【这篇文章主要是从公共卫生流行病学来高屋建瓴地阐述了病症轻重与传染能力的关系，对目前控制疫情作用式微，但是绝对是教科书内容，对于我们之后建立预防机制举足轻重。】
8.A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019【2019年中国肺炎患者的新型冠状病毒】
链接：https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001017
时间：2020.1.24
作者：中国新型冠状病毒调查研究小组
机构：如上
内容：这是国内最一线的科研团队发表的最细致的关于病毒发现，分离，确诊及目前研究进展的论文。很多追责都是从这篇文献来的，我会详细介绍。
Introdutcion
【重复的就不赘述了，我添一些新内容】
已知六种冠状病毒可引起人类疾病。四种病毒（229E，OC43，NL63和HKU1）很流行，通常在具有免疫能力的个体中引起普通感冒症状。另外两个：严重急性呼吸系统综合症冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸系统综合症冠状病毒（MERS-CoV）起源于人畜共患病，是致命疾病。
由于频繁的跨物种感染和偶然的外溢事件，新型冠状病毒很可能会定期在人体内出现。
2019年12月下旬，几家地方卫生机构报告了一群原因不明的肺炎，这些病在流行病学上与中国湖北省武汉市的海鲜和湿动物批发市场有关。
2019年12月31日，中国疾病预防控制中心（China CDC）派出了一个快速反应团队，陪同湖北省和武汉市卫生部门开展流行病学和病因学调查。【同学们，这是重点】
方法
病毒诊断方法：通过靶向泛β-CoV的共有RdRp区，使用实时逆转录PCR（RT-PCR）分析来检测病毒RNA。【同文献7】
病毒分离：【各位同学去查本科病毒学课本，所有RNA病毒都一样】
电镜观察：【同本科课本，透射电子显微镜下观察到负染色的网格和超薄切片。】
基因组测序：有钱，结合使用Illumina测序和纳米孔测序来表征病毒基因组。使用Muscle对2019-nCoV和参考序列进行多序列比对。用RAxML（13）进行完整基因组的系统发育分析。和文献7一样，生物本科生都可以完成。
结果
1.患者
三名患有严重肺炎的成年患者于2019年12月27日入武汉医院。患者1为49岁女性，患者2为61岁男性，患者3为32岁的男人。患者1和2可获得临床资料。患者1报告于2019年12月23日无基础慢性疾病，但报告有发烧（温度37°C至38°C）和咳嗽伴胸部不适。疾病，咳嗽和胸部不适加剧，但发烧减少；肺炎的诊断基于CT扫描。她的职业是海鲜批发市场的零售商。患者2最初于2019年12月20日报告发烧和咳嗽;他是海鲜批发市场的常客。患者1和3已康复，并于2020年1月16日出院。患者2于2020年1月9日死亡。未获得活检标本。
2.新型冠状病毒的检测与分离
也和文献7类似，没找到常规病原体，于是开始用支气管肺泡灌洗液中提取的RNA用作模板，结合Illumina测序和纳米孔测序对基因组进行克隆和测序。从单个标本中获得了20,000多个病毒片段，并且大多数重叠群与beta冠状病毒属B的基因组相匹配，与蝙蝠SARS样冠状病毒（bat-SL-CoVZC45，MG772933.1）的同一性超过85％。使用实时RT-PCR检测RNA靶向泛β-CoV的共有RdRp区也获得了阳性的结果（尽管检测到的样品的循环阈值高于34）。使用人气道上皮细胞以及Vero E6和Huh-7细胞株从临床标本中分离病毒。分离出的病毒命名为2019-nCoV。【这就是国际上认定的第一个毒株，12月底】
接下来还是和7一样的组装比对画进化树，不再赘述。
他们的结论是由于保守复制酶结构域（ORF 1ab）中的序列同一性在2019-nCoV和乙型冠状病毒的其他成员之间小于90％，因此2019-nCoV-武汉病毒性肺炎的可能病原体是一种新的β型冠状病毒，属于冠状病毒科的sarbecovirus亚属。
讨论
该冠状病毒可能引起的疾病被称为“新型冠状病毒感染的肺炎”（NCIP）。完整的基因组已提交给GISAID。系统发育分析表明，2019-nCoV属于beta冠状病毒属，其中包括在人，蝙蝠和其他野生动物中发现的冠状病毒（SARS-CoV，蝙蝠类SARS冠状病毒等）。
吹一下分子诊断的时效性及准确性。
根据基因组设计了迅速检测的引物并公开。
各位同学，这篇文献让我一头雾水的是最后一段，尽管我们的研究没有满足科赫的假设，但我们的分析提供了与2019-nCoV在武汉爆发的有关证据。包括通过免疫组织化学分析鉴定患者肺组织中的2019-nCoV抗原，两次检测患者血清样本中的IgM和IgG抗病毒抗体证明血清转化，并通过动物（猴子）实验提供致病性证据……
我还是贴一下原文吧，是我理解有误还是怎么滴，他最后说的这些东西，他正文一句也没提，尤其是猴子实验，这个至少得半个月吧，可是从实验上来说，1,10号公开基因组，这时候开始准备灵长类模型，怎么也赶不及……，现在凌晨两点，可能我昏头了。直接贴原文，“Although our study does not fulfill Koch’s postulates, our analyses provide evidence implicating 2019-nCoV in the Wuhan outbreak. Additional evidence to confirm the etiologic significance of 2019-nCoV in the Wuhan outbreak include identification of a 2019-nCoV antigen in the lung tissue of patients by immunohistochemical analysis, detection of IgM and IgG antiviral antibodies in the serum samples from a patient at two time points to demonstrate seroconversion, and animal (monkey) experiments to provide evidence of pathogenicity. Of critical importance are epidemiologic investigations to characterize transmission modes, reproduction interval, and clinical spectrum resulting from infection to inform and refine strategies that can prevent, control, and stop the spread of 2019-nCoV.”
9.Emerging understandings of 2019-nCoV【2019-nCovd的紧急通告】
链接：https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30186-0/fulltext
时间：2020.1.24
作者：柳叶刀社论
机构：
内容：1月23日，世卫组织总干事Tedros Ghebreyesus博士说：“中国发生了紧急事件，但它还没有成为全球性的紧急事件……世卫组织每天都关注着这一疫情。”冠状病毒（2019-nCoV）爆发正在兴起，但尚未引起国际关注的公共卫生紧急事件（PHEIC）。【2.1号已官宣PHEIC】在我们付印之时，在中国以及日本，韩国，泰国和美国已确认了500多个病例。该病毒可导致严重的呼吸道疾病，例如SARS和MERS，并且已确认人际传播。这些特征正在推动中国采取紧急的公共卫生行动以及国际关注。但是很多事情仍然未知。2019-nCoV的难题才刚刚开始。
今天，我们发布了来自中国武汉的被确认感染了2019-nCoV的个体的第一批临床数据。黄朝林及其同事对前41例实验室确认的病例提供了全面的发现。在这41例病例中，有27例直接暴露于武汉海产品市场，据认为这是动物来源的最初感染点。全部患有病毒性肺炎。疾病的严重程度令人担忧：将近三分之一的患者发展为急性呼吸窘迫综合征，需要重症监护；6例患者死亡；五人患有急性心脏损伤；四例需要吸吸氧。
另外，Jasper Fuk-Woo Chan及其同事报道了一个六口之家的临床和微生物学数据，这些人曾到武汉旅行，后来因肺炎去广东省深圳医院。五人被确定感染了2019-nCoV。值得注意的是，没有人去过武汉市场，但是有两个人去过武汉医院。作者认为这些发现证实了人与人之间的传播。这些文章一起提供了这种新疾病的临床范围和传播的重要证据。
陈望，高福及其同事在随附的Comment中，描述了疫情的早期共享，强调了迫切需要更多有关发病机理和病毒传播的信息，以及迫切需要发展最佳的支持治疗和治疗和疫苗。他们还警告不要高估死亡风险，因为早期报告的病死率可能由于病例发展到比较重的时候就诊而较高。正如David Heymann在另一封随附的评论中所反映的那样，这些文章的发布提供了迫切需要的同行评审信息，从而完善风险评估和响应。
中国已迅速分离出该病毒并对其进行测序，并在国际上共享了这些数据。从SARS流行中吸取的教训，中国已从没有充分准备感染控制机制到现在有了成熟的传染病控制体系。大多数情况下，中国当局正在达到国际标准，隔离可疑病例和接触者，制定诊断和治疗程序，并开展公众教育运动。Tedros Ghebreyesus博士高度赞扬了中国的透明性，数据共享和快速反应。同样，世卫组织作出了迅速而认真的反应。尽管对2019-nCoV造成的威胁程度以及世卫组织是否应宣布PHEIC引起了广泛关注和猜测，但该机构的应急委员会并未屈服于压力，直到必要时才做出这样的决定。我们赞扬世卫组织的抵御能力。
我们的理解可能还是有偏差，这些患者的早期经验和对症状的反应在报告病例之前仍未记录。卫生工作者的接触和可能感染仍然令人极为担忧。我们将在一段时间内不知道2020年1月23日在武汉实施的隔离所带来的后果。中国公共卫生当局承受着巨大的压力，需要做出不完全，迅速变化的对这一流行病的理解的艰难决定。停工似乎是一个艰巨的步骤，无论它们代表一种有效的控制措施，都应进行仔细的调查，而且很大程度上可能取决于维护当局与当地居民之间的信任。
公开和数据共享至关重要。急需快速获得有关这种新病毒，受影响的患者和社区以及反应的信息。但同样至关重要的是，需要确保这些数据可靠，准确且经过独立审查。鉴于所有突发公共卫生事件，我们将完全免费提供《柳叶刀》所有相关内容。
10.Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study【99例武汉市20新型冠状病毒性肺炎的流行病学和临床特征】
链接：https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30211-7/fulltext
时间：2020.1.30
作者：陈南山
机构：武汉市金银潭医院结核病与呼吸科
内容：这篇文章有人翻译过，大多数还是和之前的一样，病症，活动足迹，治疗方法等等。见链接http://med.china.com.cn/content/pid/158418/tid/1015
我随便摘抄一些，若有侵权，直接联系我我会删除。人手不够，加上我们都有些生病，翻译不过来了。
在这项回顾性单中心研究中，作者纳入了2020年1月1日至2020年1月20日在武汉金银滩医院诊治的所有2019-nCoV病例，其中两例是夫妻。共有49名患者（49％）有共同聚集史，并且有接触华南海鲜市场的历史。其中，有47名具有长期接触历史的患者，其中大部分是销售员或市场经理，还有2名具有短期接触历史的患者是购物者。没有病人是医务人员。
患者的平均年龄为55.5岁。
通过实时RT-PCR确诊病例，并进行流行病学、人口统计学、临床分析以及放射学特征和实验室数据。结果随访至2020年1月25日。
临床症状统计
调查显示，其中50名（51％）患者患有慢性疾病；82名患者具有发烧的临床表现；81名患者发生咳嗽；31名患者呼吸急促；11名患者肌肉疼痛；9名患者精神错乱；8名患者有头痛症状；5名患者喉咙痛；4名患者有流鼻涕现象；2名患者胸痛；2名患者有腹泻症状；1名患者发生恶心和呕吐。
根据影像学检查结果，发现74例（75％）患者表现出双侧肺炎，14例（14％）患者表现出多处斑驳和玻璃液混浊，1例（1％）患者患有气胸，17例（17％）患者发展为急性呼吸窘迫综合征，其中11例（11％）患者在短时间内恶化并死于多器官功能衰竭。
治疗
所有患者均被隔离治疗。75名（76％）患者接受了抗病毒治疗，包括奥司他韦（每12小时口服75毫克），更昔洛韦（每12小时口服0·25克，静脉注射）以及洛匹那韦和利托那韦片（每天两次，每次500毫克）。抗病毒治疗的持续时间为3-14天（中位数为3天）。
大多数患者接受了抗生素治疗；25（25％）位患者接受了单一抗生素治疗，而45（45％）位患者接受了联合治疗。所使用的抗生素通常涵盖了常见的病原体和一些非典型的病原体。当发生继发性细菌感染时，根据细菌培养结果和药物敏感性对患者进行药物治疗。使用的抗生素是头孢菌素、喹诺酮类、碳青霉烯类、抗甲氧西林金黄色葡萄球菌的替加环素、利奈唑胺和抗真菌药。抗生素治疗的持续时间为3-17天（中位数为5天）。19（19％）位患者还接受了甲基泼尼松龙琥珀酸钠，甲基泼尼松龙和地塞米松治疗3-15天（中位数5天）。
13例患者使用无创呼吸机机械通气4–22天（中位数为9天）。4名患者使用有创呼吸机辅助通气3–20天（中位数17 ）。通气机采用P-SIMV模式时，吸入的氧气浓度为35-100％。此外，有九名（9％）患者由于肾衰竭接受了持续的血液净化，三名（3％）患者接受了体外膜氧合治疗（ECMO）。
截至1月25日，已出院的患者31例（31％），死亡的患者11例（11％）。所有其他患者仍在医院。前两名死亡是一名61岁的男性（患者1）和一名69岁的男性（患者2）。他们以前没有慢性潜在疾病，但有悠久的吸烟史。患者1被转送到金银滩医院，被诊断出患有严重的肺炎和ARDS。他立即被送入重症监护病房（ICU），并接受了插管的呼吸机辅助呼吸治疗。后来，该患者出现了严重的呼吸衰竭，心力衰竭和败血症，在入院第11天突然出现心脏骤停，并宣布死亡。患者2入院后出现严重的肺炎和ARDS。患者转入重症监护病房并进行呼吸机辅助呼吸，入院后接受抗感染和ECMO治疗。患者的低氧血症尚未解决。在入学的第九天，该患者死于严重的肺炎，败血性休克和呼吸衰竭。两名患者出现症状与使用呼吸机辅助呼吸之间的间隔分别为3天和10天。两名患者的病程和肺部病变进展迅速，都在短时间内发展为多器官衰竭。这两例患者的死亡与预测病毒性肺炎死亡率的预警模型MuLBSTA评分一致。都在短时间内发展为多器官衰竭。
在其余的9名死亡患者中，有8名患有淋巴细胞减少症，7名患有双侧肺炎，5名年龄超过60岁，3名患有高血压，1名是重度吸烟者。
讨论
在2019年nCoV感染的99例病例中，我们观察到男性多于女性。还发现MERS-CoV和SARS-CoV感染的男性多于女性。女性对病毒感染的敏感性降低可能归因于X染色体和性激素的保护，这在先天和适应性免疫中起着重要作用。此外，大约一半受2019-nCoV感染的患者患有慢性基础疾病，主要是心血管和脑血管疾病以及糖尿病。这类似于MERS-CoV。结果表明，由于这些患者的免疫功能较弱，2019-nCoV更有可能感染患有慢性合并症的成年男性。
11.Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding【2019年新型冠状病毒的基因组学特征和流病学表征：对病毒起源和受体结合的意义】
链接：https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30251-8/fulltext#
时间：2020.1.30
作者：通讯作者：谭文杰教授，其他作者很多很多，也有高福院士。
机构：石卫峰教授，山东大学，山东第一医科大学和山东医学科学院山东省新兴传染病病原学和流行病学重点实验室；通讯作者：谭文杰教授，中国疾病预防控制中心国家疾病预防控制中心病毒生物安全国家重点实验室生物安全重点实验室，
内容：
Abstract
背景：截至2020年1月26日，已经确认了2000多例2019-nCoV感染病例，其中大多数涉及生活在武汉或访问武汉的人们，并且已经确认了人与人之间的传播。
方法：9例患者的支气管肺泡灌洗液和培养分离物的样品进行了下一代测序，8例曾去过武汉的华南海鲜市场。从这些个体获得了完整的和部分的2019-nCoV基因组序列。使用Sanger测序连接病毒重叠群以获得全长基因组，其末端区域通过快速扩增cDNA末端来确定。对这些2019-nCoV基因组和其他冠状病毒基因组进行了系统进化分析，以确定该病毒的进化史并帮助推断其可能的起源。进行同源性建模以探索病毒的可能的受体结合特性。
发现：从9位患者获得的10条2019-nCoV基因组序列极其相似，表现出超过99·98％的序列同一性。值得注意的是，2019-nCoV与2018年在中国东部舟山采集的两种蝙蝠源性严重急性呼吸综合征（SARS）样冠状病毒bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21密切相关（同一性为88％） ，但距离SARS-CoV（约79％）和MERS-CoV（约50％）更远。系统发育分析表明，2019-nCoV属于Betacoronavirus属的Sarbecovirus亚型，其最接近的亲属bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21的分支长度相对较长，并且在遗传学上与SARS-CoV不同。值得注意的是，同源性建模显示，2019-nCoV具有与SARS-CoV类似的受体结合域结构
解释：
2019-nCoV与SARS-CoV的差异很大，可以被认为是一种新型的人类感染性β冠状病毒。尽管我们的系统发育分析表明，蝙蝠可能是该病毒的原始宿主，但武汉海鲜市场上出售的动物可能是真正促进该病毒在人体内出现的中间宿主。重要的是，结构分析表明2019-nCoV可能能够与人类的血管紧张素转化酶2受体结合。该病毒的未来进化，变异和传播需要紧急研究。
Introduction
和之前类似，我会选取新的信息填上旧的就不赘述了。
Methods
患者信息：至少在武汉的三家医院就诊的9例病毒性肺炎且常见呼吸道病原体阴性的患者。有八名患者曾去过华南海鲜市场，而一名患者（WH04）患者于2019年12月23日至12月27日入住华南海鲜市场附近的一家酒店，并于2019年12月27日发烧。
病毒分离：支气管肺泡灌洗液或咽拭子通过根尖表面接种到HAE细胞中
测序：BGI华大测序
组装基因组：使用CLCBio软件版本11.0.1组装
病毒基因组分析和注释：Blastn寻找同源序列、Geneious预测开放阅读框ORF、SimPlot软件（版本3.5.1）做潜在的基因重组和系统发育分析
系统发育分析：使用Mafft软件（版本7.450）完成2019-nCoV与参考序列的序列比对。使用RAxML软件（版本8.2.9）对完整基因组和主要编码区进行了系统发育分析。
分子诊断：RT-PCR
结果
从分析的9位患者的样本中，获得了2019-nCoV的8条完整和2条部分基因组序列。这些数据已保存在中国国家微生物数据中心（登录号NMDC10013002和基因组登录号NMDC60013002-01至NMDC60013002-10），而BGI的数据已保存在中国国家基因库（登录号CNA0007332–35）。
实时PCR分析方法结果证实了患者中存在2019-nCoV。
八个完整的基因组在整个基因组中几乎相同，序列同一性超过99·98％，这表明最近才出现在人类群体中。
最大的核苷酸差异是四个突变。值得注意的是，来自同一患者的两个病毒基因组（来自支气管肺泡灌洗液的WH19001和来自细胞培养的WH19005）之间的序列同一性超过99·99％，在氨基酸水平上具有100％的同一性。另外，来自样品WH02和WH19002的部分基因组还与对齐的基因区域中的完整基因组具有近100％的同一性。
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对2019-nCoV完整基因组进行的Blastn搜索显示，GenBank上最紧密相关的病毒是bat-SL-CoVZC45（序列同一性87·99％；查询覆盖率99％）和另一种蝙蝠起源的SARS样乙型冠状病毒， bat-SL-CoVZXC21（登录号MG772934;87·23％；查询覆盖率98％）。在五个基因区域（E，M，7，N和14）中，序列同一性大于90％，最高的E基因为98·7％。2019-nCoV的S基因与bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21的序列同一性最低，仅为75％左右。此外，1b中的序列同一性（约86％）比1a中的序列同一性（约90％）低。大多数编码的蛋白质在2019-nCoV和相关的蝙蝠衍生的冠状病毒之间显示出高序列同一性。值得注意的例外是刺突蛋白，仅具有约80％的序列同一性；蛋白13，具有73·2％的序列同一性。值得注意的是，2019-nCoV毒株在遗传上与SARS-CoV（约79％）和MERS-CoV（约50％）相似。使用SimPlot软件可视化了2019-nCoV与相关病毒之间的相似性，并将2019-nCoV共有序列用作查询。
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2019-nCoV共有序列与代表性β冠状病毒基因组之间的序列同一性
比较2019-nCoV的预测编码区显示，它们具有与bat-SL-CoVZC45，bat-SL-CoVZXC21和SARS-CoV相似的基因组组织。至少预测了12个编码区，包括1ab，S，3，E，M，7、8、9、10b，N，13和14。由2019-nCoV，bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21编码的大多数蛋白质的长度相似，只有少量次要插入或缺失。一个显着差异是与蝙蝠SARS样冠状病毒，SARS-CoV和MERS-CoV相比，由2019-nCoV编码的刺突蛋白更长。
对2019-nCoV及其密切相关的参考基因组以及代表性的冠状病毒进行系统发育分析，发现这五个亚属形成了五个受良好支持的分支（图3）。Sarbecovirus亚属可以分为三个支系：两个来自Rhinolophus的 SARS-CoV相关菌株来自保加利亚（登录号GU190215）和肯尼亚（KY352407）的sp形成进化枝1；来自武汉的十个2019-nCoV和来自中国东部舟山的两个蝙蝠衍生的SARS样菌株（bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21）形成了进化枝2，这条引人注目的是将人类和人类分开的长分支。蝙蝠病毒；来自中国西南地区的蝙蝠和来自人类的SARS-CoV病毒株以及许多遗传相似的SARS样冠状病毒都形成了进化枝3，而蝙蝠衍生的冠状病毒也位于基部（图3）。此外，2019-nCoV在完整的RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）基因的系统发育方面与SARS-CoV截然不同（附录p 2）。该证据表明2019-nCoV是一种来自Sarbecovirus亚属的新型β冠状病毒。
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由于序列相似性图揭示了跨2019-nCoV基因组的病毒之间遗传距离的变化，因此我们对Sarbecovirus亚属代表性成员的主要编码区进行了系统进化分析。与基因组系统发育一致，2019-nCoV，bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21聚集在1a和穗基因的树中（附录p 3）。相比之下，2019-nCoV并未在1b树中与bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21聚类，而是与SARS-CoV，bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21形成了独特的进化枝（附录p 3），表明1b中可能发生重组事件，尽管这些事件可能发生在蝙蝠冠状病毒中，而不是2019-nCoV中。对2019-nCoV基因组（不包括1b）进行系统进化分析，发现与全长病毒基因组具有相似的进化关系。
包膜刺蛋白（S）介导受体结合和膜融合对于确定宿主的向性和传输能力至关重要。通常，冠状病毒的刺突蛋白在功能上分为负责受体结合的S1结构域（特别是SARS-CoV的318-510位）和负责细胞膜融合的S2结构域。
2019-nCoV S2蛋白显示与bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21约93％的序列同一性，远高于S1域的S1结构域，后者与这些蝙蝠衍生的病毒仅约68％的同一性。S1结构域的N-末端结构域和C-末端结构域都可以结合宿主受体。
我们检查了Sarbecovirus冠状病毒之间的刺突蛋白氨基酸变化。尽管2019-nCoV和SARS-CoV属于不同的进化枝，但它们在S1中仍拥有约50个保守氨基酸，而大多数蝙蝠衍生病毒表现出突变差异。这些位置大多数位于C端结构域中。此外，在蝙蝠衍生的菌株中发现了许多缺失事件，包括455-457、463-464和485-497位。
直接与受体结合的β冠状病毒的受体结合域通常位于SARS-CoV中的S1的C末端域
用于谱系B和MERS-CoV和BatCoV HKU4对于沿袭C。通过对四种冠状病毒的不同谱系的受体结合域的系统发育分析，我们发现，尽管在全基因组水平上2019-nCoV更接近bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21， 2019-nCoV的受体结合结构域落在谱系B内并且更接近SARS-CoV的受体结合结构域。使用Swiss-Model程序对2019-nCoV受体结合域的三维结构进行建模，具有SARS-CoV受体结合域结构的蛋白质（蛋白质数据库ID 2DD8）作为模板。该分析表明，与其他β-冠状病毒一样，受体结合结构域由核心和外部亚结构域组成。值得注意的是，2019-nCoV受体结合结构域的外部子结构域与SARS-CoV的结构域更相似。该结果表明，2019-nCoV也可能使用血管紧张素转化酶2（ACE2）作为细胞受体。但是，我们还观察到，负责SARS-CoV受体结合域与ACE2受体结合的几个关键残基在2019-nCoV受体结合域中是可变的（包括Asn439，Asn501，Gln493，Gly485和Phe486; 2019 -nCoV编号）。
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讨论
2019-nCoV与两种蝙蝠衍生的冠状病毒株bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21更相似。
我们研究的9名患者中有8名有接触武汉华南海鲜市场的历史，表明他们可能与市场上的感染源密切接触。但是，尽管有一名患者在疾病发作之前就住在市场附近的一家旅馆里，但从未去过市场。该发现表明可能有小滴传播或患者被当前未知来源感染。感染家庭成员和医务人员的群集证据现已证实存在人际传播。
作为一种典型的RNA病毒，冠状病毒的平均进化速率约为每个位点每年 10^−4个核苷酸取代，在每个复制周期中都会产生突变,令人惊讶的是，不同患者的2019-nCoV序列几乎相同，具有大于99·9％的序列同一性。这一发现表明，2019-nCoV在很短的时间内就起源于一个来源，并且被相对迅速地检测到。
系统发育分析表明，蝙蝠源冠状病毒属于BetaCoronavirus属的所有五个亚属。此外，蝙蝠来源的冠状病毒在Sarbecovirus亚属的基础位置下降，其中2019-nCoV与bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21密切相关，均来自蝙蝠。然而，尽管蝙蝠很重要，但一些事实表明另一物种充当蝙蝠与人类之间的中间宿主。首先，该疫情暴发于2019年12月下旬，当时武汉大多数蝙蝠物种正在冬眠。其次，在华南海鲜市场上没有出售或发现蝙蝠，而有各种非水生动物（包括哺乳动物）可供购买。第三，2019-nCoV与其近亲bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21之间的序列同一性小于90％，这反映在它们之间相对较长的分支上。因此，bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21不是2019-nCoV的直接祖先。第四，无论是在SARS冠状病毒还是MERS冠状病毒中，蝙蝠都是天然水库（natural reservoir），（果子狸对SARS和单峰骆驼对MERS）充当中间宿主，人类作为最终宿主。因此，根据目前的数据，造成武汉爆发的2019-nCoV病毒似乎也可能最初是由蝙蝠宿主的，并且可能已经通过在华南海鲜市场出售的目前未知的野生动物传播给了人类。
先前的研究发现了几种冠状病毒可以结合的几种受体，例如SARS-CoV的ACE2
和CD26（用于MERS-CoV）。我们的分子建模显示了SARS-CoV和2019-nCoV的受体结合域之间的结构相似性。因此，我们建议尽管2019-nCoV受体结合域中存在氨基酸突变，但2019-nCoV可能使用ACE2作为受体。尽管之前使用表达ACE2蛋白的HeLa细胞的研究表明2019-nCoV可以利用ACE2受体， 这些突变是否会影响ACE2的结合或改变受体的向性需要进一步研究。
在冠状病毒中经常见到重组。我们在此处分析的Sarbecoviruses中检测到重组。我们的结果表明，重组事件很复杂，与2019-nCoV相比，蝙蝠冠状病毒更可能发生重组事件。因此，尽管发生了重组，但重组可能不是该病毒出现的原因，如果鉴定出更密切相关的动物病毒，这一推断可能会改变。
更普遍的是，与2019-nCoV相关的疾病暴发再次凸显了野生动物中隐藏的病毒库以及它们偶尔扩散到人群中的潜力。【大自然隐藏的潘多拉魔盒呀】
12.Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia【新型冠状病毒感染肺炎在中国武汉的早期传播动态】
链接：https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001316?query=recirc_top_ribbon_article_4
时间：2020.1.29
作者：太多了，肉好香，提供数据的一人一碗
机构：四川（H.Liu）; 湖南省疾病预防控制中心，湖南长沙（刘长青），安阳市疾病预防控制中心，河南安阳（邵少坚），盘锦市疾病预防控制中心，辽宁盘锦（H. Li），贵州省疾病预防控制中心，贵州贵阳（ZT），上海嘉定区疾病预防控制中心（YY），南昌市疾病预防控制中心，江西南昌（ ZD），内蒙古呼和浩特的内蒙古疾病预防控制综合中心（BL）和上海的宝山区疾病预防控制中心（ZM）等等等等
内容：425例患者来研究早起传播模式，这篇文章在国内引起了轩然大波，尤其是科技部发文之后，高福院士被推到了舆论的漩涡中心，但是我这几天生病也看了比较火的一些推论，并且认真看了这篇文章以及之前所有挂名高福博士的文章。仅代表我自己觉得他被冤枉了。我会认真地翻译这篇文献，并把我认为的重点加粗。
13.Another Decade, Another Coronavirus【下一个十年，另一种冠状病毒】
链接：https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMe2001126?query=recirc_mostViewed_railB_article
时间：2020.1.24
作者：Stanley Perlman, M.D., Ph.D.
机构：新英格兰社论
内容：
人畜共患型冠状病毒已经是几十年来第三次跨物种感染人类。该病毒临时称为2019-nCoV，最初在中国武汉被发现于暴露于海鲜或湿市场的人群中。中国公共卫生，临床和科学界的迅速反应促进了对临床疾病的认识和对感染流行病学的初步了解。最初的报道表明人与人之间的传播是有限的或不存在的，但我们现在知道发生了这种传播，尽管在何种程度上尚不清楚。就像其他两种致病性人类呼吸道冠状病毒（严重急性呼吸综合征冠状病毒[SARS-CoV]和中东呼吸综合征冠状病毒[MERS-CoV]）引起的暴发一样，截至2020年1月24日，报告的病例超过800例，死亡率为3％。
新英格兰杂志上有朱娜等人报道了确定的表征的2019-nCoV。目前病毒基因组已经测序，这些结果与其他报告一起显示，它与SARS-CoV的同源性为75％至80％，并且与几种蝙蝠冠状病毒的亲缘关系更近。它可以在对SARS-CoV和MERS-CoV有用的相同细胞中繁殖，但值得注意的是，与SARS-CoV或MERS-不同，2019-nCoV在原代人气道上皮细胞中的生长要好于标准组织培养细胞。冠状病毒 病毒的鉴定将允许开发试剂来解决有关这种新的冠状病毒感染的关键未知因素，并指导抗病毒疗法的发展。首先，了解基因组的序列有助于开发敏感的定量逆转录酶-聚合酶链反应测定法，以快速检测病毒。其次，血清学检测方法的发展将允许评估在潮湿市场和其他环境中人以及病毒的潜在人畜共患病源中的感染率。由于整个中国都存在湿货市场，因此这些试剂也可用于评估人类感染是否比最初想象的更为广泛。第三，掌握病毒将刺激开发抗病毒疗法和疫苗以及实验动物模型的努力。
关于这种感染，仍然需要学习很多东西。最重要的是，需要确定人际传播的程度和临床疾病的范围。SARS-CoV和MERS-CoV的传播在很大程度上是通过超级传播事件发生的。超级传播事件与2019-nCoV传播有关，但其相对重要性尚不清楚。与上呼吸道细胞相比，SARS-CoV和MERS-CoV对肺内上皮细胞的感染更多。因此，传播主要来自公认的疾病患者，而不是来自轻度，非特异性体征的患者。看来2019-nCoV使用与SARS-CoV相同的细胞受体（人类血管紧张素转换酶2 [hACE2]），因此只有在出现下呼吸道疾病的迹象后才能进行传播。SARS-CoV在2002-2004年的流行中发生了突变，可以更好地与其细胞受体结合，并优化在人类细胞中的复制，从而增强毒力。适应很容易发生，因为冠状病毒具有容易出错的依赖RNA的RNA聚合酶，使突变和重组事件频繁发生。相比之下，自2012 被发现以来，MERS-CoV并未发生实质性的突变以增强人类的感染力。
2019-nCoV的行为可能更像SARS-CoV，并通过增强与hACE2的结合进一步适应人类宿主。因此，重要的是要获得尽可能多的时间和地理上无关的临床分离株，以评估病毒突变的程度并评估这些突变是否表明对人宿主的适应性。此外，如果2019-nCoV与SARS-CoV类似，则该病毒将系统传播。尸检时获取患者样本将有助于阐明感染的发病机制，并合理地修改治疗干预措施。它还将有助于验证从实验动物的实验性感染获得的结果。
第二个关键问题是病毒的人畜共患病源的鉴定。由于其与蝙蝠冠状病毒非常相似，因此蝙蝠可能是该病毒的主要宿主。SARS-CoV是从湿市场中的外来动物传播给人类的，而MERS-CoV是从骆驼传播给人类的。在这两种情况下，祖先的主人都可能是蝙蝠。了解2019-nCoV是直接从蝙蝠传播还是通过中间宿主传播，对理解这一点很重要，这将有助于定义人畜共患病的传播方式。
SARS流行的一个显着特征是恐惧在经济和社会后果中起着重要作用。尽管仍在开发特定的抗冠状病毒疗法，但我们现在对如何控制社区和医院中的此类感染了解更多，这应该可以减轻这种恐惧。根据我们在SARS-CoV和MERS-CoV方面的经验，2019-nCoV的传播可能通过大液滴和接触发生，而较少通过气溶胶和毒气传播。公共卫生措施，包括社区隔离以及及时诊断和严格遵守医疗机构中的普遍预防措施，对于控制SARS和MERS至关重要。采取类似措施非常重要，希望能够成功减少2019-nCoV的传播。
14.Clinical characteristics of 2019 novel coronavirus infection in China【2019-新型冠状病毒感染的临床特征】
链接：https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.06.20020974v1
时间：2020.02.09
作者：通讯作者钟南山
机构：1.广州市呼吸卫生研究所；2武汉市金银潭医院；3华中科技大学同济医学院附属协和医院血液研究所；4广州医科大学附属第一医院胸腔肿瘤科；5南方医科大学公共卫生学院生物统计学系，广东省热带病研究重点实验室，器官衰竭研究国家重点实验室；6广州医科大学附属第一医院胸外科肿瘤科等
内容：
这是钟南山院士团队收集了1099例病人后总结的临床特征，对于预防有重要参考意义，值得注意的是24天的一例病人是个例，患者是青壮年男子免疫力很强，所以一直处于无症状感染状态。不必恐慌，很少很少的个例。本文只发表了预印本。将来应该会刊载在nature。
自2019年12月以来，由于2019年新型冠状病毒（2019-nCoV）引起的急性呼吸道疾病（ARD）在武汉市出现并迅速在全国传播。我们试图描述这些病例的临床特征。
截止2020年1月29日，从31个省/市的552家医院中提取了1,099例经实验室确认的2019-nCoV ARD患者的数据。
中位年龄为47.0岁，女性为41.90％。仅1.18％的患者与野生动植物直接接触，而31.30％的患者去过武汉，71.80％的患者与武汉的人接触过。发烧（87.9％）和咳嗽（67.7％）是最常见的症状。腹泻很少见。中位潜伏期为3.0天（范围为0至24.0天）。入院时玻璃混浊占50.00％。通过症状加逆转录酶聚合酶链反应诊断而没有异常放射学发现的严重病例比非严重病例诊断的更多（23.87％vs. 5.20％，P <0.001）。在82.1％的患者中观察到了淋巴细胞减少。55名患者（5.00％）被送往重症监护病房，15名患者（1.36％）死亡。在多变量竞争风险模型中，重症与入住重症监护病房，机械通气或死亡独立相关（子分布危险比为9.80； 95％置信区间为4.06至23.67）。
2019-nCoV流行病通过人际传播迅速传播。在一些2019-nCoV感染的患者中，放射学检查结果正常。血氧饱和度，呼吸频率，白血球/淋巴细胞计数和胸部X线/ CT表现提示预后不良。
表一，1099例患者的基本情况，依次介绍了重症轻症，复合终点即痊愈或者缓解（Composite endpoint）不同类型病人。以及患者的年龄，性别，吸烟史，武汉接触史，就诊，发热与否，具体体温，症状表现等等的细节。
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表二 放射CT及检验指标，有X-RAY,CT,PaO2: FiO2，白细胞个数，淋巴细胞个数，血小板个数，血红蛋白，等等，我可以明天重新做张翻译版的表，专业术语太多了，后面的翻译出来一般人也不认识。
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图1 文章1099例患者分布
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15.Game consumption and the 2019 novel coronavirus【野味消费与2019年新型肺炎】ps:学到了新词，game meat居然是野味的意思。我当时看这个题目我还以为是博弈的意思，还以为这是一篇打算探讨肺炎对经济的掣肘呢。。。
链接：https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30063-3/fulltext#%20
时间：2020.02.07
作者：通讯作者朱宏
机构：广州大学地理科学学院
内容：
看完钟老的论文，再看这篇，轻松好笑。声明我是男权主义，不存在任何歧视男性的思想。
首先介绍一下，这算是一篇comment，发表在柳叶刀的子刊Infectious Diseases上，所以在柳叶刀的新冠专题找不到。还是佳怡跟我说有这么一篇文章，让我猎个奇的。好了，以下正文：
2019年12月，在中国武汉首次发现了感染人类的2019年新型冠状病毒（2019-nCoV）。截至2020年2月3日，中国国家卫生委员会报道了34省（自治区，直辖市和特别行政区）的20471例2019-nCoV确诊病例。
冠状病毒是在表型和基因型上多样化的RNA病毒。除人类以外，冠状病毒还广泛分布于世界各地的其他物种，包括鸟类，兔子，爬行动物，猫，狗，猪，猴子和蝙蝠。它们可能会导致程度不一的呼吸道，肠道，肝脏和神经系统疾病，有时甚至致命。之前鉴定出的两种冠状病毒株：重症急性呼吸综合症冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸综合症冠状病毒（MERS-CoV）曾大范围传播，都起源于人畜共患病。
2019-nCoV可能也是人畜共患病起源。武汉早期确诊的新冠状病毒病例与华南海鲜市场（湿市场）密切相关（作者这里引用了朱娜的paper，联想一下之前确诊的三个条件，整个学术界可能一开始就逻辑闭环地认为是华南海鲜市场的动物传人），华南海鲜市场出售各种脊椎动物和无脊椎动物，有野生的也有养殖的。官方确认新型肺炎与市场上的野味动物之间存在密切联系后，2020年1月21日市场关闭。
在中国，食用野味的传统可以追溯到史前时期。现代的野味不用来充饥，但仍是餐桌上的佳肴。尤其是广东和武汉所在的南部，野味仍是日常菜单上的美味佳肴。【作者说的南蛮，不是我说的】
对野生动物的肉类和产品的痴迷可能源于我们过于迷信医学上的食品同源性。【就是吃什么补什么啦】，《黄帝内经-素问》上说：“ eaten when hungry is food, eaten when ill is medicine”，被认为是早期对于食物和药物同源性的描述。但是，由于无法完全理解自然科学，许多中国人错误地扩大了同源性的范围，并简单地认为吃啥补啥。例如，人们认为鹿和老虎的肾脏和阴茎具有壮阳作用，而鱼类和猴子的大脑则可以使人更加聪明。
另一个错误观念是，野生动物的肉和产品具有一定的治疗作用。例如，中国穿山甲肉被认为有助于缓解风湿病，其血液被认为可以促进血液循环并消除经络阻塞（中药的概念），其胆汁被认为可以消除所谓的肝火（易怒）和改善视力。
此外，互联网上看到的行为也可能间接鼓励了2019-nCoV的传播。在诸如快手和斗音之类的流行直播平台上，主持人参与了所谓的大胃王比赛，在观众面前吃东西。有时他们吃的食物很奇怪，有各种潜在危险。2016年，有人直播用蝙蝠制成汤并现场饮用。还有其他野生动物，例如非洲蜗牛，青蛙，竹鼠或章鱼。那些动物可能是生吃的，甚至是活着的，比如章鱼，而这些主播对于野生动物体内潜在的病毒毫不知情。
疫情发生后，与其试图控制SARS，MERS，埃博拉和2019-nCoV等人畜共患病毒疾病的爆发，不如通过限制野味来杜绝它们的出现。立法只是解决方案的一部分。最终的解决方案在于改变人们对美味，时尚，成名和健康饮食的看法。
为应对2019-nCoV的爆发，中国政府已禁止一切形式的野生动物交易。互联网上平台也已经自发做出努力，解释消费野味所涉及的风险，并禁止购买，出售，或食用野生动物。我们相信，通过改变过时和不适当的食用野生动物及其产品的传统，我们可以保护野生动物的自然栖息地，使人类和其他生物可以和谐共处。
16.Nowcasting and forecasting the potential domestic and international spread of the 2019-nCoV outbreak originating in Wuhan, China: a modelling study【对源自中国武汉的2019-nCoV爆发的国内和国际传播的预测：一项模型研究】
链接：https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30260-9/fulltext#%20
时间：2020.01.31
作者：Prof Joseph T Wu
机构：香港大学李嘉诚医学院公共卫生学院
内容：
17.Clinical evidence does not support corticosteroid treatment for 2019-nCoV lung injury【临床证据不支持皮质激素治疗2019-nCoV造成的肺损伤】
链接：https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30317-2/fulltext#%20
时间：2020.02.07
作者：J Kenneth Baillie
机构：爱丁堡大学罗斯林研究所遗传与基因组学
内容：
新英格兰医学杂志又写了一篇社论，说希望以下三点：
1.我们希望作者尽早与公共卫生当局共享重要信息。对于当前的冠状病毒爆发，经作者批准，我们将与世界卫生组织分享。我们还鼓励作者提交其作品以在预印本服务器上发布。
2.我们将快速评估提交的稿件，如果计划发布，将加快所有编辑步骤，以尽快刊印。我们鼓励作者与其他研究人员共享原始数据，这些原始数据是我们发布2019-nCoV报道的基础。
3.与具有直接公共卫生意义的所有工作一样，有关冠状病毒爆发的文章将从发布之日起在NEJM.org免费提供。在NEJM.org上已经创建了一个专栏https://www.nejm.org/coronavirus。
4.由于我们无法发布收到的所有信息，因此，在稿件提交时，我们将为作者提供将稿件快速转移到其他参与期刊的机会，并提供审稿人的评论。
【看来学术界真的束手无策，一点眉目都没有的样子】
18.Clinical Characteristics of 2019 Novel Coronavirus Infection【】
链接：https://www.jwatch.org/na50821/2020/01/31/clinical-characteristics-2019-novel-coronavirus-infection
时间：2020.01.31
作者：Rajesh T. Gandhi, MD新英格兰副编辑
机构：NEJM JOURNAL WATCH INFECTIOUS DISEASES
内容：这是一篇新英格兰杂志的编辑评论，概括了两陈南山那篇临床特征。【这是1.31号的评述，目前最全面的是钟南山院士1099例的临床特征，目前还是预印本】
因感染入院的患者中约有一半患有合并症，并且死亡主要发生在老年人中。
2019年新型冠状病毒（2019-nCoV）感染的临床范围仍在确定中。现在，研究人员描述了2020年1月1日至20日在中国武汉一家传染病专科医院就诊的99例确诊的2019-nCoV肺炎患者的特征。
患者的平均年龄为55岁。三分之二是男人；47名有华南海产品市场长期接触（销售员，市场经理），而2名对有短期接触（购买过程）。约有50％患有慢性疾病，最常见的是心血管和脑血管疾病（40％）。入院时的症状和体征包括发烧（83％），咳嗽（82％）和呼吸急促（31％）；很少有咽痛，鼻漏或胃肠道症状的患者（≤5％）。实验室检查结果包括肝功能异常（43％）和淋巴细胞减少（35％）。在胸部X光或CT扫描上，有75％的患者有双侧肺炎的证据。1人患有气胸。报告并发症包括急性呼吸窘迫综合征（17％），急性肾损伤（3％）和败血性休克（4％）。截至1月25日，已有11名患者（11％）死亡。
评论
该病例系列表明，2019-nCoV感染引起的严重疾病最有可能在并发症的老年人中发生，就像流感和许多其他传染病一样。由于这项研究的重点是住院患者，因此尚不清楚疾病的全部范围。具体来说，我们需要病情较轻的个体和人群进行血清检测的数据，以估计无症状感染的频率。
19.Asymptomatic 2019-nCoV Transmission in Germany, and First U.S. Case Described【德国无症状2019-nCoV传播和美国首例病例】
链接：https://www.jwatch.org/na50842/2020/02/03/asymptomatic-2019-ncov-transmission-germany-and-first-us
时间：2020.02.03
作者：Mary E. Wilson, MD 新英格兰的特约编辑
机构：NEJM JOURNAL WATCH INFECTIOUS DISEASES
内容：这是一篇新英格兰杂志的编辑评论，她概括了两篇前沿论文Rothe C et al. N Engl J Med 2020 Jan 30 和Holshue ML et al. N Engl J Med 2020 Jan 31【因为是国外的，我当时没有写，可以只看这篇就够了。】
德国报告的一个案例中，Rothe及其同事描述了一位33岁健康的商人（患者1），他与一位中国商业伙伴一起参加了会议，该伙伴会议期间情况良好，但在回国途中发病，呈2019-nCoV阳性。几天后，患者1出现发烧和咳嗽，但病情好转，三天后恢复工作。他有发热但感觉良好，但依旧被确定为中国患者的接触者，并在定量逆转录酶-聚合酶链反应分析（qRT-PCR）上测试为2019-nCoV阳性。随后2天的随访测试显示病毒载量高（10^8拷贝数每毫升痰），而他仍无症状。其他三名出现症状的员工在2019-nCoV呈阳性【其中一个与中国商业伙伴接触；另外两个仅与患者1接触】。所有患者均被送往慕尼黑的传染病科进行隔离和监测。
Holshue及其同事描述了美国报道的首例2019-nCoV病例。一名35岁的男子曾到过中国武汉，但没有参观过华南海鲜市场，也没有与病人接触。他在华盛顿州斯诺霍米什县的一家诊所就诊过。九天后肺炎发作，在至少第12天的时候，通过qRT-PCR鼻咽样品显示持续2019-nCoV阳性，在第7天测试的粪便样品呈阳性。他曾接受过雷姆昔韦（目前尚未获得FDA批准的抗病毒药物）的治疗，目前正在康复。
**评论
感染了相关冠状病毒SARS CoV的人通常在传播病毒之前就发烧，因此可以通过筛查发烧并隔离可能感染的人来阻止SARS CoV的传播。这些重要的新病例表明，2019-nCoV可以在没有症状的情况下传播，这将使传播中断变得更加困难。有待确定的是无症状传播的普遍程度。
Rothe的报告描述了感染期间的两代传播，即症状发作前或轻度且自我限制时期。恢复期通过qRT-PCR在痰中鉴定出的高滴度病毒是否可传播尚不清楚。美国的第一例病例是从武汉的一个未知来源获得的感染，并且呼吸道样本显示持续的PCR阳性。**
20.Genomic Characterization of the 2019 Novel Coronavirus【2019年新型冠状病毒的基因组表征】
链接：https://www.jwatch.org/na50823/2020/02/06/genomic-characterization-2019-novel-coronavirus
时间：2020.02.06
作者：Hana M. El Sahly, MD 新英格兰的助理编辑
机构：NEJM JOURNAL WATCH INFECTIOUS DISEASES
内容：这是一篇新英格兰杂志的编辑评论，她概括了两篇前沿论文，Lu R et al. Lancet 2020 Jan 30 和Zhou P et al. Nature 2020 Feb 3。【第一篇我之前有写，第二篇nature这个黑了心的现在还收费，所以我到现在都没写，正好省麻烦了，这篇评论概述了所有内容】
2019-nCoV是一种新的人类β冠状病毒，它利用血管紧张素转化酶II进入人细胞。
考虑到与2002-2003年SARS-CoV爆发的流行病学相似性，冠状病毒（CoV）被怀疑是2019年12月在中国武汉爆发的病毒性肺炎的原因。为了分离和鉴定病原，Lu和同事使用了来自中国武汉市9名患者的支气管肺泡液和咽拭子，用下一代测序技术测了序。在这些患者中，有8人曾接触过华南海鲜市场，其中1人住在附近的一家酒店。研究人员直接从支气管肺泡液中或在人气道上皮细胞中生长后分离出病毒RNA。他们利用逆转录获得了DNA，并对其进行了测序和组装。
分析表明，它与蝙蝠SARS样冠状病毒（SL-CoV）密切相关，后者属于冠状病毒家族的beta冠状病毒属。组装的基因组相似度超过99.9％，表明最近出现并传染进入了人类。研究人员确定，2019-nCoV位于beta冠状病毒的Sarbecovirus亚类中，进化枝2，而SARS-CoV是进化枝3的Sarbecovirus。尽管2019-nCoV在基因组水平上与蝙蝠SL-CoV密切相关，但其受体结合结构域（RBD）与SARS-CoV的同源性更高，这也是三维结构建模所表明的。
另外，Zhou及其同事还对2019-nCoV进行了测序和特征分析，病毒从爆发开始时发现的五名患者中分离出来。研究人员将病毒分离到两个细胞系中。2019-nCoV患者的血清以1：40-1：80的稀释度中和了病毒。马的抗SARS-CoV血清也以1:80的稀释度中和了病毒。传染性分析表明，与SARS-CoV相似，2019-nCoV使用血管紧张素转化酶II进入细胞。
发现WHO翻译那部分有些浪费时间，其实大部分已经有人做了，已经删掉自己翻译的部分单独成篇，只列提纲和链接。
2020.1.29碎碎念预告：明天会更新四篇，柳叶刀两篇，陈望的通讯编号6和香港大学关于家族传染的研究编号7；新英格兰两篇，一篇讲评估层面的问题，一篇讲细致的从实验到临床的方法【我会考虑将这篇写成最详细最系统的该病的诊断预后等】
2020.1.30碎碎念，很抱歉，今天没有如期更新，打开电脑已经晚上十一点了，因为我才知道我的好朋友被确诊了。我今天没有看文献，看了一天的倾城之恋。末日唯一的好处是贫富差距被抹掉了，众生平等，我们拥有殊途同归的期盼“好好活着”。这样浓稠的无奈和悲伤下，我们可以肆无忌惮地跟喜欢的人说“我爱你”，可以心无芥蒂地原谅过往的仇人和自己。当然，所有的希望里，我最期待春暖。
今天的各种学术圈的爆料，我看了也有二十多篇文献了，基本都是柳叶刀和新英格兰，猫腻我也看明白了，今天我先把昨天预告的四篇更新完。然后明天花两个小时厘清时间线，写一篇学术复盘吧。【我是个十八流的推理网文写手，这么多的资料下，还是很有信心的。】
2020.1.31号1.49AM预告，明天会更新柳叶刀的一系列专题，专题网址https://www.thelancet.com/coronavirus
，更3篇【9社论,10病例,11基因组学】。迄今柳叶刀的专题有4篇中国人发的article（1篇香港），1篇coment。除香港大学那篇，其余全都有高院士大名。我全都更完啦。新英格兰的2篇【12早期传播分析+13社论】
最后科普，柳叶刀The Lancet影响因子59.102，新英格兰NEW ENGL J MED影响因子70.67，对科研圈的人而言，真的太香了。。。
2020.02.11碎碎念：低迷了一周，我又回来啦，为了庆祝我们佳怡小盆友痊愈，今天更新了重磅文章之钟院士的那篇编号14；以及一篇比较猎奇的通讯编号15。
感谢科技部的发文，1.31号之后发文的单位和个人少了太多，这10天柳叶刀居然一篇文章都没发。所以我落下的工作也不是特别多。刚刚更新了三篇新英格兰的编辑评论，编号18，19，20。因为是之前翻译过的文献的评论，所以一晚上写完了，我写这三篇的时候没有保存，重新再来一遍，微笑脸，现在是北京时间2:33AM，20200212。刚刚WHO给武汉新型冠状病毒2019-nCoV一个新名字COVID-19，所以我把正文名字也改了。
好像睡觉有点太早，再念叨一会，我每晚上九点开始雷达不动地打开小爱，看论文，写我的三流小说或者十八线科普。
在我和佳怡心有灵犀一起例假发烧头痛的日子里，每日打开新闻端，我如你一般气愤一般难过，见到了红会的尸位素餐，看到了太多了民科太多的阴谋论，送走了李文亮大夫，每天被谣言反谣言的碎片信息充盈大脑，浪费这封闭的天光。
然而白天无意打开电视看春晚，于是一直单曲循环“万里长城永不倒，千里黄河水滔滔，江山秀丽叠彩锋岭，问我国家哪像染病？”这是个暧昧的季节，冬天已经过去，可春天却迟迟不来，你是不是和我一样会觉得冷呢？但是，武汉已经汇聚了上万名医学逆行者，他们是如你我一般的普通人，如你我一般也会冷会害怕的有血有肉有家人的凡人，我一直怀疑18岁时随着大学录取通知书来的希波克拉底誓词到底会给青春和人生注入怎样的信仰，佳怡说，是热情是热血，是无畏是无私，是虽千万人吾往矣。
凌晨三点，有人用音响外放monster，you think I am crazy?no，我也和千千万万个你一样，冷静又疯狂地深爱着这片土地，愿为萤火，愿为微光，给你温暖给你力量，因为那个城市，我爱的人和人们成长学习生活，他们不该遭受这样的磨难。菩萨保佑！
明天开始正常日更。预告：2篇柳叶刀香港大学讲模型的编号16和爱丁堡大学讲糖皮质治疗的问题17。
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