安装时间：2021.2.19

1. 简介

    ncbi-genome-download是一个可以直接从NCBI上批量下载序列的软件，支持下载多种格式。

2. 安装

利用conda安装即可

conda install -c bioconda ncbi-genome-download

3. 重要参数说明

• -s：选择数据库（genbank，refseq），默认是refseq数据库
• -F：需要下载基因组的格式，可以多种格式同时下载，用逗号隔开，默认是genbank格式
• -l：序列组装程度，可以多种格式同时下载，用逗号隔开
• -g：需要下载序列的属，后面要指定类群，比如bacteria
• S：下载的具体的菌种名称，用逗号隔开，也可以写入一个文件中，一行一个菌种名称
• -o：输出的文件名称
• -r：失败时重新连接的次数，默认是0次
• --flat-output：将下载的文件输入到一个目录中，不创建新的子文件

4. 实例

• 下载青枯菌（Ralstonia solanacearum）中全部完整和染色体的基因组，模式的下载格式为genbank，下载的全部文件存放在目录“R.solanacearum”中

ncbi-genome-download -g "Ralstonia solanacearum" bacteria -l "complete,chromosome" --flat-output -o R.solanacearum

• 下载假单胞菌属（Pseudomonas）中所有的基因组序列

ncbi-genome-download -g "Pseudomonas" bacteria -l "complete,chromosome" --flat-output -o Pseudomonas

• 通过NCBI中的Taxonomy ID下载单个或多个菌株基因组

ncbi-genome-download --taxids 386585 bacteria -F protein-fasta --flat-output -o Escherichia_coli_O157:H7 Sakai

菌株的Taxonomy ID可以通过NCBI的数据库得到：Taxonomy