NCBI的SRA数据下载

作者: dashan1928 | 来源:发表于2021-03-24 15:24 被阅读0次

第一步安装sratool，https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

第二步使用prefetch 命令，后加需要下载的SRRxxxxx号

第三步使用fastq-dump --gzip --split-3 SRR3866526.sra将SRA数据分成SRRxxxx_1.fastq.gz和SRRxxxx_2.fastq.gz数据，并将原始数据中一端有而另一端没有的reads单独放入一个文件中

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