SnapGene是我在学分子克隆实验中最常用的软件，不能想象没有SnapGene的生活。SnapGene经过不断更新换代，可以说已经自成一体，它不仅仅是一个可以打开DNA序列、查看序列特征的软件，它在每个用户手上俨然已成为一个个独立、特殊的DNA序列库、分子克隆设计工具和实验结果预测和记录本。既然已经是人人都知SnapGene，但我还是要单独开篇学一学SnapGene。原因是它太优秀使得它不但是分子克隆的利器，同样由于它优秀的可视化手段，使得它还是一个非常好的学习分子克隆的展示机。
How snapgene surprise you
1. 软件获取
这是一个收费软件，按年付费或者一次性获取终身权限。可以在官网获取30天试用期。
软件支持的input格式：GeneBank，SnapGene格式文件，或者自行复制DNA序列，使用新建的方式创建。
软件安装成功之后，我们从序列查找从头开始认识SnapGene。
2. 软件初使用
2.1 下载一个喜欢的质粒map
打开Addgene，搜索一个感情戏的质粒，例如pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458)，这个从名字上看，这个质粒带有pSpCas9（野生型Cas9），同时包含有一个断裂肽2A，在2A后面还有一个绿色荧光标签GFP，质粒的骨架为PX458，因此推测这是一个可以表达Cas9蛋白，且转入后细胞会发绿色荧光的质粒。在Addgene上
pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458)
2.2 SnapGene打开（windows系统）
双击那个EP管的突变，打开后是如下界面，没有任何分子克隆基础的小伙伴可能会一脸懵逼，因为太多陌生元素过多。如下图所示，界面的左侧和下方区域，其实就是一些非常常用的功能模块被单独拿出来做了便捷工具栏，而右侧的这个description panel其实也只是简单的DNA序列信息描述。因此大体来说，主要看好上方的折叠工具栏就好了。
pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) in snapgene
2.3 SnapGene软件界面
界面上方区域
和所有软件一样，是一行工具栏，有我们常见的文件（file），编辑（edit），查看（view）等。File和Edit很容易理解，与常规软件无异。从View开始，就发现有所不同，我们将后续几个按钮的折叠菜单都拉出来一看究竟
toolbar
（1）View：可看到内容包括Map、sequence、Enzyme、features、primes和history几个主要功能选项，而这几个选项其实在下方还单独列出作为快捷项，可见这几个功能是顶顶常用的功能模块。其中history这个功能简直就是一个实验记录本，之前都被我忽略了，现在一定要大大的用起来。比如一个质粒的构建可能需要经过多步完成，而且每一步或是PCR或是酶切，个中细节很容易忘记，而history则记住每一个质粒的前世今生，每一个步骤以及该步骤用到的primer和内切酶全部记录在内，非常适合用于回顾和整理。
（2）Map可以切换到质粒或序列的这个图谱，如上图的圈圈样图形。
（3）sequence顾名思义可以提供序列信息，而序列信息的查看又可根据个人爱好自定义查看，例如：单看5‘~3‘或者两条链都看；查看序列时还可同时查看酶切位点、氨基酸编码、阅读框等等详细信息，因此Sequence不仅仅是序列，还包含有大量的序列相关的注释。
（4）Enzyme是关于限制内切酶的信息，可以选择隐藏或展示所有酶切位点，或者仅展示单酶切或双酶切位点。一般我会选择在质粒的map上查看单酶切和双酶切位点，有一种指点江山的感觉。来人啊，用SpeI和BsrGI双酶切把这个片段给我neng下来！
（5）Features这个功能平时我用得比较少，主要用于增加、修改图谱注释。而features正是蕴含着大量的分子克隆基础知识，随便打开一个feature定义框，就快要不知所云了。所幸我们只是查看已有的map，而不是自行构造一个map。
features
（6）Actions：action可以说是一个超级神奇的功能模块了，我们常说的Gibson assembly等各种常规的分子克隆手段，都可以用过这个模块进行模拟还有设计。
（7）Tools：简单而言就是一些常用的小工具，比如氨基酸密码表啦、DNA分子量计算器、琼脂糖凝胶电泳模拟Simulate Agarose Gel及序列比对等等。在这个折叠菜单里我最喜欢用的是Simulate Agarose Gel，省去好多计算的麻烦（如下图）。而序列比对是确认基因编辑效果的利器，其重要程度使得SnapGene软件在整个界面的左侧给出了一个专用的按钮模块。
下图所示是使用SaclI和KpnI两个酶双酶切质粒的琼脂糖凝胶电泳模拟图，同时该模拟图还可以加多个质粒同时对比，此外双击map上的酶切位点可以查看该核酸内切酶需要什么buffer（图中未显示）
Simulate Agarose Gel
以上只是简单拆讲一下软件界面，界面只是一个架构，而通过软件学习每个功能模块下面所包含的分子克隆基础知识，才是我们的最终目的，而我不生产知识，我只是知识的搬运工。
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