下载SRA数据技巧

作者: sober01 | 来源:发表于2017-06-30 17:05 被阅读30次

假如你要下载PRJNA310071的所有SRA数据，你可以通过下面命令获取全部的SRR id
前提是你得安装entrez direct 工具包
command：wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/edirect.zip

获取SRR id：
esearch -db sra -query PRJNA310071 |efetch -format runinfo >runinfo.txt

cat runinfo.txt | cut -f 1 -d "," >SRR.ids

download command: prefetch --option-file SRR.ids

transform format command：cat SRR.ids |sed 's/SRR/fastq-dump --split-files SRR/' |bash

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1.下载 https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?vi...
SRA数据下载
http://zhaohuanan.cc/2020/04/15/11.bioinfo/bioinfo-SRA%E6...