下载SRA数据技巧

假如你要下载PRJNA310071的所有SRA数据，你可以通过下面命令获取全部的SRR id
前提是你得安装entrez direct 工具包
command：wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/edirect.zip

获取SRR id：
esearch -db sra -query PRJNA310071 |efetch -format runinfo >runinfo.txt

cat runinfo.txt | cut -f 1 -d "," >SRR.ids

download command: prefetch --option-file SRR.ids

transform format command：cat SRR.ids |sed 's/SRR/fastq-dump --split-files SRR/' |bash