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清空不同Resolution分群走向的历史信息

清空不同Resolution分群走向的历史信息

作者: 科研小徐 | 来源:发表于2022-04-04 15:14 被阅读0次

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    在对大类注释好的数据集进行亚群提取后,往往需要重新对子集进行聚类分群,但在使用下述代码对新子集进行不同粒度分群走向时绘图会混入meta.data中原始大类数据集的粒度分群走向信息。

    sce <- FindClusters(
      object = sce,
      resolution = c(seq(.2,1,.2)) #起始粒度,结束粒度,间隔
    )
    clustree(sce@meta.data, prefix = "SCT_snn_res.")
    

    因此在运行前,需清除不同Resolution分群走向的历史信息,并重新运行上述代码。

    以下为清除历史信息代码:
    sce@meta.data=sce@meta.data[,!(grepl("^SCT_snn_res.",colnames(sce@meta.data)))]
    

    注意:这里我是用的SCT标准化,如果为传统方法标准化需更改SCT_snn_res.RNA_snn_res.


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