如果不动笔写出来笔记，就永远也不会动笔了。看文献可以修身养性平天下何乐而不为。
Date：2020-09-10
Author：zhangj
1.文章背景
题目：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing
杂志：nature communications
发表时间：2018 Dec
通讯作者：Kristian Pietras
单位： 隆德大学，生物实验室，医学系，转化癌症研究室
关于德隆大学
隆德大学介绍：隆德大学（Lund University）是瑞典王国一所现代化、具有高度活力和历史悠久的全球顶尖学府，世界百强大学。它建于1666年，有七个院系以及各研究中心和专业学术机构，涉及面有自然科学，法律，社会科学，经济管理，医学，工程技术，人文科学，神学和艺术（包括音乐，美术和戏剧）。有将近7000教职员工，是北欧最大的高等教育和科研机构。隆德大学为欧洲顶级名校，瑞典国家财政支出金额在瑞典各大学校中遥遥领先。隆德大学位列2019软科世界大学学术排名第101-150位 ，2020泰晤士高等教育世界大学排名第96位，2020 QS世界大学排名第92位，2020 USNews世界大学排名第91位。
2.背景知识点
2.1 文章中的专有名词
Cancer-associated fibroblasts，文章中的解释如下：
Cancer-associated fibroblasts (CAFs) are a major constituent of the tumor microenvironment, although their origin and roles in shaping disease initiation, progression and treatment response remain unclear due to significant heterogeneity.
正常的纤维细胞产生维持细胞外基质的组分如collagens胶原蛋白质, fibres纤维, glycosaminoglycans葡萄氨聚糖 and glycoproteins糖蛋白 and are therefore vital in tissue repair in wound healing.(Circulation Research. 2018;122:540–542)
一张图来解释纤维细胞类型：
image-20200726151118760.png
然而，CAFs来源于正常的成纤维细胞、周细胞、平滑肌细胞、纤维细胞或间充质干细胞。这些CAFs通过分泌生长因子如血管内皮生长因子(VEGF)、血小板衍生生长因子(PDGF)、成纤维细胞生长因子(FGF)和其他趋化因子来刺激血管生成从而支持肿瘤生长。
周细胞pericytes
在血管内皮和基板之间的散在分布的一种扁平而有突起的细胞叫周细胞（pericyte）。内含肌动蛋白丝，肌球蛋白等，具有收缩功能。他还参与毛细血管直径的双向调控；毛细血管受损时，周细胞还可增殖，分化为内皮细胞和成纤维细胞。
周细胞
间充质细胞
细胞质内除含有一定数量的线粒体之外，还有少量的粗面内质网、游离核糖体、高尔基体及散在的溶酶体和脂粒等。间充质的间质是无色透明的液体。有很强的分裂和分化能力，在胚胎发育的过程中不仅是各种结缔组织的共同祖先，而且分化和发育成血管的内皮及平滑肌等其他种类的组织。在成年的动物的结缔组织中仍然可以看见一些具有发育潜力的间充质细胞。
MSCs是干细胞家族的重要成员，可分化为脂肪、骨、软骨、心肌等多种组织细胞，在修复骨骼、软骨及受损心脏细胞，治疗炎症和免疫系统疾病方面具有很大潜力。
Front. Endocrinol., 29 August 2011
2.2 Matrisome gene set
细胞外基质蛋白和相关因子的集合
in silico “matrisome” defined as the ensemble of ECM proteins and associated factors，（ref18，http://web.mit.edu/hyneslab/matrisome/）
细胞外基质蛋白和相关因子的集合
2.3 从文章中总结出来的一些markers
ECM-related genes：
- glycoproteins：Dcn,Lum, and Vcan
- structural proteins：Col14a1
- matricellular proteins：Fbln1, Fbln2, and Smoc
- matrix-modifying enzymes：Lox and Loxl1
- the proliferation marker：Ki-67
- endothelial cells：内皮细胞，Cdh5，Pecam1，Cd34，and Tie1，CD31
- the CAF markers：PDGFRα，α-SMA
- negative selection markers：Epcam, Pecam1, and Ptprc
- non-specific mesenchymal marker transcripts：Vim and Sparc
- vascular regulators：Notch3, Epas1, Col18a1, and Nr2f2
- stem cells：Scrg1, Sox9, and Sox10, among others
2.4 文章主要结论
在于对CAF定义了三个亚群。
Here, following a negative selection strategy combined with single-cell RNA sequencing of 768 transcriptomes of mesenchymal cells from a genetically engineered mouse model of breast cancer, we define three distinct subpopulations of CAFs
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