1. Homer

1.1. homer的安装和配置

• 按照这个链接里的教程进行。

1.2. install mm10

nohup perl /home/xpan/.conda/envs/atac/share/homer-4.9.1-6/.//configureHomer.pl -install mm10 &

1.3. find motif

ls *txt | while read id; do (findMotifsGenome.pl $id mm10 co2 $(basename $id .txt)_motif_dir &); done

2. MEME

• 参考笔记：https://www.jianshu.com/p/6bb6967c455d
• MEME 地址：http://meme-suite.org/index.html
• 是一个网页工具集合
• 支持 DNA、RNA、蛋白质序列

2.1. motif discovery

• 其实就是 de novo 的 motif 分析
• 以 5 个工具中的 MEME 为例
• 三种模式
  • Classic mode：读入一组序列
  • Discriminative mode：读入两组序列，寻找目的序列相对于对照序列的 motif，大致算法为首先根据两组序列计算一个位点特异性先验 position-specific prior，即给目的序列每个位点一个评分，表示 motif 从该点开始的可能性，使得后续在目的序列中搜索 motif 时倾向于评分高的位置，而评分的高低与该位点在对照序列中出现的频率有关
  • Differential Enrichment mode：读入两组序列，基于超几何分布检验寻找目的序列相对于对照序列的 motif
• 可以指定预期的 motif per sequence 以及预期能找到的 motif 数

2.2. motif enrichment

• 计算已知 motif 在目的序列的富集情况
• 以 4 个工具中的 CentriMo 为例
• 可以设定在序列的中部/任意处富集 motif
• 同样可以输入 1 或 2 组序列
• 可选择在已有的 motif 库或自己上传的 motif 库中富集

2.3. motif scanning

• 分析目的序列上可能出现 motif 的位置
• 以 4 个工具中的 FIMO 为例
• 和 motif enrichment 的区别在于，只能自己上传 motif 库
• 可以自己上传序列或使用数据库中的序列

2.4. motif comparison

• 比较输入的 motif 和数据库中的 motif 之间的相似性

3. motifmatchr

• 暂缓学习