学习小组Day3笔记-Resolution

Day3 Linux环境下的软件安装大纲.png

linux如何安装软件？

• 第一步：简单了解conda--“linux版App Store”
• 第二步：下载conda的精华版--miniconda
• 第三步：安装和配置miniconda
• 使用miniconda
• 第五步：定制conda的分身（我目前还没理解到

生信星球指南重现

准备工作

1. 安装压缩软件bzip2：

yum install -y bzip2

1.png

2. 安装miniconda

• 在指定文件夹安装：（小技巧：cd b+Tab）

cd biosoft

• 指定安装链接：

wget  https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 安装：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 激活：

source ~/.bashrc

3. 添加国内镜像:

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

（注意有坑：putty配置时，一定要显示配置过程，谨防断网未配置起镜像）

使用conda--安装fastqc

1. 查看当前所有软件列表

conda list

2. 搜索软件

conda search fastqc

3. 安装软件

conda install fastqc -y

4. 卸载软件

conda remove fastqc -y

今日选修

1. 查看当前conda有哪些环境

conda info --envs

2. 建立一个名叫rnaseq的conda环境

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3. 再次查看我们的conda环境

conda info --envs

4. 激活新的conda环境

source activate rna-seq

5. 卸载一个环境中的软件

conda remove -n rna-seq fastqc -y