④比较基因组分析
首先，用geneious来注释SC区、IR区、并使用AI来绘制IR的收缩草图（这一步我不会）。然后再用mvisa来确定质体的可变性。然后再用mauve将所有的序列进行比对和重排、将序列导出为fasta格式，用DNAsp软件来分析核苷酸多样性（pi），步长设置为200bp，窗口长度为600bp。
具体操作如下：
1. 首先将我所要用的序列全部进行比对，并且以fasta格式导出来。（MAFFT比对）
2.导出之后 再用DNAsp打开
3.再用dispaly→打开view data，打开得到下图在进行设置，在data里面点击format
2. 点开format之后 再如下图进行设置 选择DNA，两倍体，叶绿体。即可进行分析了
3. [endif]进行分析点击DNA分析 并设置步长和窗口
4. [endif]按照下图这样设置
5. [endif]直接OK可以运行得到结果了。
6. [endif]点击这个DNASP Graph，可以得到一个pi值的图片，也就是叶绿体滑动窗口的图片。
7.这就是我们作出的滑动窗口的图片，可根据需求改。导出来之后，放进ps/AI里面修改。里面的高变异基因可以通过Mvista来查看，大概的基因是哪个。
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