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Anaconda 安装R环境,安装Package和配置镜像

Anaconda 安装R环境,安装Package和配置镜像

作者: Z_bioinfo | 来源:发表于2023-04-04 16:45 被阅读0次

    安装R

    在安装之前,先检查一下本地的环境有哪些:


    image.png

    接着创建一个R环境:
    然后切换到新建的r环境:

    conda activate r
    

    接着安装r:

    conda install r
    

    过程大概如下:


    image.png
    image.png

    过程中遇到一些问题:

    有些安装包由于网络问题不能下载完全,如下所示


    image.png

    对于这个问题,只需要再针对这些包单独安装即可:

    例如:

    conda install r-base=3.6.1
    

    全部安装完毕之后,检查是否安装完成:

    输入R按Tab键:


    image.png

    可以看到R和Rscript都能检索出来了,安装完毕。

    安装Package:

    第一种方法使用R脚本安装:

    #输入R回车,进入R命令行交互界面,输入如下命令进行安装
     
    >install.package("glue")
    

    第二种方式使用Anaconda进行安装:

    既然我们选择了Anaconda安装R,那么使用Anaconda安装Package也是比较方便的,并且易于管理。

    方法如下:

    打开https://anaconda.org/网站,看到如下界面

    image.png
    在搜索窗口输入r-glue进行搜索,注意R的package一般都有r-为前缀。
    image.png
    可以看到有很多结果,结果为xxx/r-glue的形式,其中xxx为不同的channel,可以选择其中一个点击进去,以第一个为例
    image.png
    清楚的告诉我们选择任何一个进行安装即可。由于我已经安装过r-glue,所以以r-wavelets为例进行演示,如下
    image.png
    注:-c r 的意思是选择r这个channel

    添加Channel和镜像

    由于访问国外的网络经常会有网速慢的问题,所以可以添加一些国内镜像作为channel,这样就能在下载的时候体验飞一般的速度了。方法如下:

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
    

    当然也可以打开home目录下的.condarc文件手工添加,格式如下:

    channels:
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    
    image.png

    如上图所示,可以使用镜像下载了,速度飞快。

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