批量下载某物种的EST序列数据。大体上的思路有几种方法：

• 1. 用NCBI的Entrez搜索下载
• 2. 其它二级数据库，专门提供的EST序列下载

这重要介绍用NCBI的Entrez搜索来下载EST序列。再简单提一下PlantGDB网站，植物方面的基因组序列和EST序列比较齐全。

锁定物种：芝麻（sesame，Sesamum indicum）

第一种：用NCBI的Entrez搜索批量下载EST序列（不只是EST哦，其它一样有效的）

用关键词sesame，数据库选Taxonomy（图1）。

用关键词sesame，数据库选Taxonomy

得出芝麻的 Taxonomy ID 为 4182(缩写：txid4182)。见图2。从图2右边的Entrez records 可知芝麻的EST序列有3328条。点击 3328 的链接进去。这时自动分配一个关键词：txid4182[Organism:noexp] 等同于 txid4182

芝麻的EST序列有3328条

所以以后用这个关键词txid4182，数据库选择EST，就能搜索到芝麻所有的EST序列，选择其它的数据库，当然也是一样能得到芝麻的其它数据。见图3

在Display处选择需要下载的格式（如Fasta），见图3

在Display处选择需要下载的格式

在Send to 处选择File，就是下载全部序列了。见图4

在Send to 处选择File，就是下载全部序列了

第二种：PlantGDB网站

PlantGDB：植物有关的序列数据等等，收集的植物种类也较多。也提供一些生物信息的分析工具。

网址： http://www.plantgdb.org/

EST序列下载页面：http://www.plantgdb.org/download/download.php?dir=/Sequence/ESTcontig/

原文链接：http://liucheng.name/975/

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