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查询一个基因启动子区域的CpG岛

查询一个基因启动子区域的CpG岛

作者: weixinsuoxian | 来源:发表于2020-02-28 18:12 被阅读0次

    查询某一基因启动子区域的CpG岛,一般有两种方法:一种是查文献,看您关注的基因,别人做的CpG岛是哪些,这个对自己选择位点有指导作用;另一种是UCSC数据库中查找,这种方法可以直接将该基因启动子区域的CpG岛信息都获取下来。

    我们建议两种方法结合起来,用UCSC查询出某基因启动子区域所有的CpG岛,参考别人的研究,最终确定自己想要研究的甲基化位点。

    以EPB41L1为例,为大家展示一下获取基因启动子区域CpG岛信息的操作流程。

    1. 打开UCSC(http://genome.ucsc.edu/),点击Human GRChg38/hg38,如下图:

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    2. 在空白框内输入“EPB41L1”,同时下拉箭头到 “regulation” 那一行,在下面 CpG Island的选择框中选择“show”,然后点击go;

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    **3. **接着,得到如下界面,在UCSC 上可以,看到EPB41L1这个基因内部和基因附近有4个CpG 岛,分别用红色框出来了。

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    EPB41L1在基因组中的坐标为:chr20:36091504-36232799

    CpG 85 在基因组中的坐标为:chr20:36064533-36065578,其位于基因上游25926 bp 处;

    CpG 178 在基因组中的坐标为:chr20:36092082-36093626,其位于基因起始处;

    CpG 45 在基因组中的坐标为:chr20:36154402-36154787,其位于基因内部;

    CpG 29 在基因组中的坐标为:chr20:36236366-36236700,位于基因下游6569 bp 处。

    我们综合看一下这四个CpG岛:

    CpG 85 虽然位于基因上游,但是距离基因较远,因此我们认为它不调控EPB41L1 这个基因的表达。

    CpG 29虽然距离基因较近,但是它在基因下游,目前一般研究CpG 岛的多位于基因上游和基因内部。因此我们也认为他不调控基因的表达。

    综合以上,分析部认为EPB41L1 值得研究的CpG岛有两个,CpG178和CpG45。这时可以查阅文献,看别人做的哪一个,作为自己选择的参考。

    **4. **下面小编以CpG178为例,进一步看一下如何获取具体核酸序列,点击绿色的CpG178,

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    然后得到以下界面,再点击“View DNA for this feature”,

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    得到如下界面,选择Reverse complement,然后点击“get DNA”,

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    最后, CpG178的核酸序列如下:

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    [参考文献](https://mp.weixin.qq.com/s?src=3&timestamp=1582853764&ver=1&signature=614Gk7czhdoHddYDWVFnfQ2F2wGBjoFd4VbEgU1TAuKYlI*URbpe3QFMlGsZN4IuCITobxQ4bW8s-SuBEjhAhzyJe5XNYcyS5SqvX1x5M352dqMVpJnpQ1v-X6kFHisXbsLr6ahLxeEDjm4f5ouQZ8COwPO8tVP06Mi6RSxclss=

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