Phage Term----噬菌体分类(二)

1.Phege Term下载与安装、

Pheage Term可以在https://sourceforge.net/projects/phageterm 上下载。

#下载完成后上传至服务器
unzip phageterm-1.0.12.zip

注：要运行该软件需要有Python及以下库文件。

file

./PhageTerm.py
#出现以下报错，原因是服务器的python版本为3，而该软件需要的是python版本为2，很明显python代码里面print语句没用。python3的print语句必须要加()。

file

#解决方法
conda create --name python27 python=2.7       #创建一个名为python27的环境，指定Python版本是2.7        
source activate python27                      #安装好后，使用activate激活该环境
python --version                              #查看python版本是否变为2.7
#在该环境下装包
pip install matplotlib                        #注:conda安装时候报错，采用pip安装。
conda install numpy
conda install pandas
conda install scikit-learn
conda install scipy
conda install statsmodels
pip install reportlab
./PhageTerm.py                                #看看还报不报错

file file

2.使用测试数据跑程序

source activate python27                           #激活前面创建好的环境
cd phage/phageterm-1.0.12/                         #进入软件所在文件夹
touch phageterm.sh                                 #创建一个shell脚本
vim phageterm.sh
#在shell脚本中输入以下(以Mulike为例)
./PhageTerm.py -f test-data/Mu-like_R1.fastq -p test-data/Mu-like_R2.fastq -r test-data/Mu-like.fasta -n TEST_Mu-like -g test-data/Mu-like_host.fasta -c 10
#参数使用介绍
-f:pair-end测序得到的read1。
-p:pair-end测序得到的read2。
-r:噬菌体参考基因组(组装得到的fasta文件)。
-n:噬菌体的名字(也是最后生成报告的名字)。
-g:宿主的参考基因组(增加会导致程序跑的很慢，如果有建议使用该参数)
-c:需要用多少个processor(加快运算速度)，可通过命令cat /proc/cpuinfo | grep processor查看有多少个processor。
#运行
chmod u+x phageterm.sh                              #加可执行权限
nohup ./phageterm.sh > TEST_Mu-like.log &           #后台运行

3.结果

程序跑完后会生成以下3个文件:

file

(1)TEST_Mu-like_PhageTerm_report.pdf:会给出属于哪一类噬菌体，包装机制， 宿主基因组情况等信息。

file file file

(2)TEST_Mu-like_statistics.csv:给出各个位置的coverage，SPC等结果的统计表。

file

本文由博客一文多发平台 OpenWrite 发布！