BED格式

BED 文件格式
Genome Browser FAQ
生物信息数据格式：bed格式

简介

bed文件一般代表基因组位置信息，采用起始坐标为0的坐标系
BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必选;另外还可以添加额外的9列可选，这些列的顺序是固定的。

可以自定义BED文件便于浏览器更好展示。但是，下游的一些分析工具如bedToBigBed不接受有注释的BED文件。

格式

必须的三列：
chrom - 染色体的名称（例如chr3，chrY，chr2_random或scaffold10671）。
chromStart- 染色体或支架中特征的起始位置，0-based。[)前闭后开区间
chromEnd- 染色体或支架中特征的结束位置。

9个可选的字段：

name - 定义BED行的名称。
score - 基因在注释数据集文件中的评分，得分在0到1000之间。在Genome Browser中评分越高灰度越高。
strand - 定义strand方向。“.” 或“+”或“ - ”
thickStart- feature的起始位置
When there is no thick part, thickStart and thickEnd are usually set to the chromStart position.
thickEnd - feature结束位置。
itemRgb- RGB值，方便在GenomeBrowser中查看。
blockCount- BED行中的外显子数。
blockSizes- 逗号分隔，数目与blockCount值对应，表示对应外显子的碱基数。
blockStart位置。逗号分割，表示对应外显子的起始位置（相对ChromStart）。

示例

browser position chr7:127471196-127495720
browser hide all
track name="ItemRGBDemo" description="Item RGB demonstration" visibility=2 itemRgb="On"
chr7    127471196  127472363  Pos1  0  +  127471196  127472363  255,0,0
chr7    127472363  127473530  Pos2  0  +  127472363  127473530  255,0,0
chr7    127473530  127474697  Pos3  0  +  127473530  127474697  255,0,0
chr7    127474697  127475864  Pos4  0  +  127474697  127475864  255,0,0
chr7    127475864  127477031  Neg1  0  -  127475864  127477031  0,0,255
chr7    127477031  127478198  Neg2  0  -  127477031  127478198  0,0,255
chr7    127478198  127479365  Neg3  0  -  127478198  127479365  0,0,255
chr7    127479365  127480532  Pos5  0  +  127479365  127480532  255,0,0
chr7    127480532  127481699  Neg4  0  -  127480532  127481699  0,0,255

展示结果

与GTF区别

BED文件中起始坐标为0,一个区域用左闭右开区间表示； GFF中起始坐标是1,一个区域用闭区间表示。
处理Bed格式和GFF格式的工具主要有 BedTools和Tophat 。

其他类型

根据包含的列数 BED文件可以叫做BED 3/4/5/../12

bedGraph

和wiggle格式类似，bedGraph对各个区域给出了一个连续性数据（continuous-valued data），用于展示各个区域的表达量或对应的概率值。

例子：

chr19 49302000 49302300 -1.0
chr19 49302300 49302600 -0.75
chr19 49302600 49302900 -0.50
chr19 49302900 49303200 -0.25
chr19 49303200 49303500 0.0
chr19 49303500 49303800 0.25
chr19 49303800 49304100 0.50
chr19 49304100 49304400 0.75
chr19 49304400 49304700 1.00

bigBed

二进制压缩版的BED或bedgraph。使用bedToBigBed 和 bigBedToBed 互相转换