谈一谈今天使用ViewBS 和 deeptools的坑（二）

ViewBS的bed文件格式

image.png

deeptools的bed文件格式

image.png

一个基因的strand列在第五列，一个在第六列，然而这会导致最后结果很大的误差。

就ViewBS甲基化数据分析差别见 BS-seq分析时候ViewBS可视化时候一定要加基因的方向
就deeptools对ChIP-seq数据的可视化分析差别

strand列放错了的图
放对了的图

这一放错就把H3K27me3分布的趋势给搞错了。所以 我们使用软件时候要注意几点：

• 1、查看范例中的输入文件格式
• 2、基因的strand信息有时候很重要，起码我现在才算是领会到了
• 3、细心，多看文献，当自己的结果与别人不一致时候先排除自己的问题。
• .....