IRES:(Internal Ribosome Entry Site)内部核糖体进入位点。
来看下百度百科的介绍:
由于circRNA的特殊结构,让 circRNA 只能通过非经典的方式启动翻译,这个时候IRES就闪亮登场了。那么怎么寻找某个基因产生的circRNA是否能编码多肽呢?
下面介绍两个好玩的网站:
1. IRESbase
IRESbase(http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/iresbase/index.php)。
主页是这个样子的:
在搜索框内输入你感兴趣的基因,比如TP53,可以看到有两个circRNA可产生多肽。
那么是不是这些circRNA真的能产生多肽呢?这些就需要后期去验证了。
2.circRNADb
网址:http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/circrnadb/circRNADb.php
如果想看这个网站的教程请在度娘里搜索下面的关键字:
circRNADb:首个汇总编码蛋白环状RNA的数据库
界面还是比较清爽的
以MAP3K5为例,就可以搜索出来20条信息:
任意点开,可以发现在588nt-701nt之间有IRES区,且在793nt位置有ATG启动子。表明circASK1可能编码用含272个氨基酸的多肽编码ASK1亚型。接下来……
有兴趣可以研究下A novel protein encoded by circASK1 ameliorates gefitinib resistance in lung adenocarcinoma by competitively activating ASK1-dependent apoptosis这篇文章,里面专门找了circASK1产生的多肽ASK1-272a.a并进行了验证。 PMID: 33947841
参考链接:
A novel protein encoded by circASK1 ameliorates gefitinib resistance in lung adenocarcinoma by competitively activating ASK1-dependent apoptosis
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