主要聚焦于：核糖体翻译

细胞内所有组装好的核糖体的“快照”

真核生物的核糖体

80S 核糖体定位于其胞质。每个核糖体由40S小亚基和60S大亚基组成。

40S亚基具有18S RNA（1900个核苷酸）和33个蛋白质  。

60S大亚基由5S RNA（120个核苷酸）、28S RNA（4700个核苷酸）、5.8S RNA（160个核苷酸）和46个核糖体蛋白组成

核糖体的主要功能是将遗传密码转换成氨基酸序列并从氨基酸单体构建蛋白质聚合物。mRNA包含一系列密码子，被核糖体解码以产生蛋白质。核糖体以mRNA作为模板，核糖体通过移动穿过mRNA的每个密码子（3个核苷酸），将其与氨酰基-tRNA提供的适当氨基酸配对。氨基酰基-tRNA的一端含有与密码子互补的反密码子，另一端携有适当的氨基酸。核糖体利用大的构象变化快速准确地识别合适的tRNA [8] 。通常与含有第一个氨基酸甲硫氨酸的氨酰基-tRNA结合的核糖体小亚基与AUG密码子结合，并招募核糖体大亚基。核糖体含有三个RNA结合位点：即A、P和E位点。A位点结合氨酰基-tRNA或终止释放因子 [9] ；P-位点结合肽基-tRNA（与tRNA结合的tRNA）多肽链；E位点（出口）结合游离tRNA。蛋白质合成始于mRNA5'末端附近的起始密码子AUG。 mRNA首先与核糖体的P位点结合。核糖体通过使用原核生物中的mRNA的Shine-Dalgarno序列和真核生物中的Kozak盒来识别起始密码子。

流程

首先，用翻译抑制剂或液氮急冻处理细胞或组织。

核酸酶处理核糖体新生肽链复合物，降解没有核糖体覆盖的mRNA片段，去除核糖体，检测被核糖体保护的约22~30

bp的RNA小片段(称为ribosome footprints, RFPs; 又称ribosome protected fragments, RPFs。 两者等价)，

将reads 与基因组比对,找到它们在核糖体的位置

可得到核糖体分布的位置信息，据此可得到每种转录本上核糖体的分布、密度，可推测起始密码子位置(包括非ATG起始)、ORF (开放阅读框)位置、翻译暂停区域以及uORFs

原理

翻译延长速率越慢，核糖体停留的时间越多;

核糖体足迹(footprints)密度越高的位点，翻译延长速率越慢