2022-11-24 磨刀不误砍柴功之合并相同样本的fastq文

参考自：https://www.jianshu.com/p/97defd9adf18

https://blog.csdn.net/weixin_31956641/article/details/116553743

需要合并多个双端文件

*第一步，将相同样本名字和对应的SRR编号放在一起(excel直接复制)*

vi sample.txt

a      srr1

a      srr2

b      srr3

b      srr4

b      srr5

第二步修改SRR数据文件名

1端

for i in `cat sample.txt|tr "\t" "_"`;do echo ${i};mv ${i##*_}_1.fastp.fastq.gz ${i}_1.fastp.fastq.gz;done

2端

for i in `cat sample.txt|tr "\t" "_"`;do echo ${i};mv ${i##*_}_2.fastp.fastq.gz ${i}_2.fastp.fastq.gz;done

第三步合并文件

安装bgzip

conda install  -c bioconda tabix

1端合并到he目录

for i in `cat sample.txt|cut -f1|sort|uniq`;do echo ${i};zcat ${i}_*_1.fastp.fastq.gz | bgzip - >  he/${i}_1.fastq.gz ;done

2端合并到he目录

for i in `cat sample.txt|cut -f1|sort|uniq`;do echo ${i}; zcat ${i}_*_2.fastp.fastq.gz | bgzip - >  he/${i}_2.fastq.gz;done