Fastq-dump：我的日常命令

原文地址：Fastq-dump: 一个神奇的软件 - by hoptop

感谢我洲更学长~记录一下看完学长的这篇文章之后对于我自己的fastq-dump使用建议：

默认命令：

fastq-dump /path/to/###.sra

trinity的建议命令

在无参组装时，使用trinity软件在使用以上默认命令后报错会提示使用以下的命令：

fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files file.sra

根据洲更学长的文章，把--split-files改成--split-3会更好一些（具体区别请移步学长的简书文章，链接在上方）。

故最后得到命令是这样的：

日常命令

fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-3 file.sra -o ../02.fastq

习惯默认输出到上一层目录中的02.fastq这个文件夹中。想要输出到别的位置记得修改-O|--outdir参数哟

选加参数：

• --gzip, --bzip2: 以压缩文件的方式输出结果
• --fasta:如果下游分析只需要用到fasta文件。当然了也有很多方法能够把fastq转换成fasta,比如说samtools.（嗯，偷懒必备技能~）

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后记：

因为接下来会做蛮多的转录组或者基因组相关的工作，fastq-dump软件简直是大宝天天见，就像我陈飞师兄说的一样garbage in, garbage out这第一步就出了岔子后续再怎么分析都是白搭（突然想起我那11月开始做实验到现在一个多月因为一开始引物设计反了导致实验一点结果都没有的师兄。。心疼）