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最新13.7分纯生信,研究某类巨噬细胞与肿瘤微环境的关系是个不错

最新13.7分纯生信,研究某类巨噬细胞与肿瘤微环境的关系是个不错

作者: 生信小课堂 | 来源:发表于2023-03-05 11:22 被阅读0次

    影响因子:13.751

    研究背景:肌肉浸润性膀胱癌(MIBC)的5年生存率低于50%,且治疗效果不理想。免疫检查点抑制剂(ICI)和靶向治疗可为MIBC的治疗提供新思路。肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)在TME中可表现出多效性功能。IL-10作为一种免疫抑制细胞因子,它的分泌可能是一种功能性TAMs的特征。然而,免疫抑制IL-10+TAMs在MIBC中的临床结果和治疗方面的意义尚不清楚。

    研究结果:

    一、IL-10+TAMs浸润对MIBC患者不良临床预后的预后价值

    下图A-D:对中山医院(ZS队列)和TCGA队列中的IL-10+TAMs浸润患者进行Kaplan-Meier分析,表明,IL-10+TAMs比总TAMs有更大的预后价值,并与MIBC患者的不良临床预后有关。

    二、IL-10+TAMs浸润对MIBC患者ACT反应的预测价值

    1、在TCGA和ZS队列中,MIBC患者均未能从基于顺铂的辅助化疗中获益(图2A,B)。

    2、在两组队列中,IL-10+ TAMs浸润高的ACT患者的生存获益。在TCGA队列中,低IL-10+TAMs浸润的患者在接受ACT治疗后,RFS较低(图2A,下)。

    三、识别IL-10+TAMs浸润的免疫侵入微环境

    1、根据TCGA队列的RNA-seq结果,选择差异表达基因(DEGs),进行GO分析,结果显示多重免疫抑制基因集在IL-10+TAMs高亚组中富集,包括对T细胞增殖和免疫应答的负调控(图3A)。

    2、在TCGA队列中的DEGs中,IL-10+TAMs高亚组中免疫检查点基因表达上调(图3B)。

    3、IL-10+TAMs高亚组的患者表现出丰富的免疫浸润状态,如图3C所示,高IL-10+TAMs特征与较高水平的免疫抑制细胞和较低水平的活性树突状细胞相关。免疫组化结果一致(图3D)。

    4、利用TCGARNA-Seq数据,通过GSEA进一步描述了耗竭的CD8+T细胞和未成熟的NK细胞在IL-10+TAMs高亚组中高度富集(图3E)。

    5、CD8+T细胞的功能标记物与IL-10+TAMs浸润呈负相关;CD8+T细胞的耗竭标记物与IL-10+TAMs浸润呈正相关;FCM结果证实了IL-10+TAMs水平与免疫检查点表达呈正相关(图3F)。

    四、通过scRNA-seq对MIBC的IL-10+TAMs特征进行分析

    1、单细胞测序来自6个MIBC样本和2个瘤周样本(图4A);分析显示有11种细胞类型的26个细胞簇(图4B),IL-10主要在所有细胞类型的巨噬细胞上表达(图4C)。

    2、IL-10+TAMs中M1巨噬细胞标志物表达显著下调,而M2巨噬细胞标志物表达上调(图4D)。

    3、聚类分析显示SOX7、MYC等核心转录因子也在IL-10+TAMs中富集(图4E)。

    4、IL-10+TAMs和耗竭CD8+T细胞之间存在相互作用(图4F)。

    5、NKG2D II受体-MICA在IL-10+TAMs中显著富集,暗示IL-10+TAMs可能在重塑CD8+T细胞功能状态中发挥作用(图4G)。

    五、IL-10+TAMs浸润的分子特征和治疗意义

    1、图5A:IL-10+TAMs与MIBC不同分子亚型的分布有关。IL-10+TAMs高亚组和低亚组中涉及MIBC的关键基因的突变率存在显著差。

    2、Cox分析显示,在患者中IL-10+TAMs高水平与TP53等重要基因的修复功能相关;KMT2D突变可能介导IL-10+TAMs积累及其下游机制(图5B)。

    3、在IL-10+TAMs高亚组中观察到较高的EGF 信号传递、抗原呈现和免疫检查点分数,提示IL-10+较高的患者 的患者对EGFR靶向治疗和免疫治疗更敏感。

    总结:
    本研究纳入了临床患者及数据库患者信息,采用免疫组化、单细胞RNA测序和流式细胞术等检测IL-10+TAMs的功能状态及其与其他免疫细胞的相关性。结果发现,高IL-10+TAMs浸润与总生存期和无复发生存期预后较差相关,具有抑制特征的IL-10+TAMs与免疫逃避性肿瘤微环境相关,此外,高IL-10+TAMs浸润与基底特征亚型和增强EGF信号相关。提示IL-10+TAMs可能为EGFR靶向治疗以及免疫治疗提供指导,免疫抑制IL-10+TAMs作为治疗靶点的潜力值得进一步探索。

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