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生信小思考:Bisulfite 转化,重亚硫酸盐转化?

生信小思考:Bisulfite 转化,重亚硫酸盐转化?

作者: liu_ll | 来源:发表于2019-03-23 00:02 被阅读101次

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  (小小吐槽一下,许久未更新,做实验累到跪。。。。。更扎心的是还做不出来。。。。祝我好运吧,后续会把笔记一一贴出来~)
  今天老板在组会上讲到一个小问题:现在大家都常说bisulfite转化,什么是bisulfite?亚硫酸氢盐转化和重亚硫酸盐转化是一个东西吗?为什么不选择亚硝酸盐呢?


Q:首先我们需要明白一个问题:Bisulfite转化的目的是什么?

A:可以将未甲基化的C变成U,而甲基化的C则不变。在随后的测序中寻找甲基化的信息。

Q:我们经常听到重亚硫酸盐转化和亚硫酸氢盐转化,这两个是一个东西嘛?
A:个人认为亚硫酸盐和亚硫酸氢盐肯定是不一样的。一个是正盐,一个是酸式盐。

但是!

带着好奇去查了一下这个bisulfite的翻译(来自bing翻译)


bing翻译

感觉好像真相了、、、、、、

此外,我还查到了BS转化的最原始的文章,一篇92年的PNAS


原文的材料和方法

看来除了sodium bisulfite(亚硫酸氢盐)之外,还可以用hydroquinone(对苯二酚)进行转化。
原文链接:A genomic sequencing protocol that yields a positive display of 5-methylcytosine residues in individual DNA strands.

Q:为什么亚硝酸盐不行呢?

  亚硝酸(nitrous acid, NA)有氧化脱氨作用,可使A 和C脱氨后分别产生次黄嘌呤I 和U ,使A∶T转换成G∶C , C∶G转换成A∶T
这个就不能分辨甲基化和未甲基化的信息了,所以不采取。

Q:甲基化的转化还有别的改进吗?

19年的2月25号在 Nature Biotechnology ( IF 35.724 )online了一篇文章:
Bisulfite-free direct detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at base resolution
1:他们开发出来TAPS(TET-assisted pyridine borane sequencing,TET辅助的吡啶硼烷测序法),这种方法的是一种破坏性较小,能有效替代亚硫酸氢盐测序法。

2:如今研究人员经过不断改善已经能将TAPS的反应效率从70%提高到95%以上,此外研究者还开发出了两种TAPS版本:TAPS-β和CAPS,其都能分别用来检测5mC和5hmC修饰。


ref:
1:https://www.nature.com/articles/s41587-019-0041-2
2:http://www.hebeicdc.com/news/2019/03-05/18736.html
3:https://www.pnas.org/content/89/5/1827
后记:
可能有人会纳闷,这个可能没有探究的意义,但是知其然要知其所以然。问题多想想,此外,还要多多关注一下文献发展动态呀~

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