Circos 图绘制

circos 图绘制基因组信息有优势，在很多文章出现。
circos 使用Perl写的，要安装一些必要的perl模块，Perl模块安装很简单，看文档就好了

运行命令：circos -conf circos.conf
关键是配置这个conf文件，一般绘图需要以下配置文件：

• circos.conf
• ideogram.conf
• ticks.conf
• image.conf
• highlight.conf
• colors_fonts_patterns.conf
  circos.conf 是主配置文件，你可以吧所有的信息放在这里，一般要分开，用include方式导入 ，这样好管理。

course文件

没摸清门道之前，这个软件的配置文件还是很难搞定的，你甚至不能跑起来！后来发现最好的办法（我认为）是用他的course文件上的例子，然后一点点改动，你就知道怎么用了。
下载 circos-course-2017.tgz，上面就是一步一步教你怎么能用，但是我只想画个一般人类数据，直接找一个和自己相近的例子用。在session/1/10目录。

配置

circos.conf

#注释掉他的输入，改成hg19，看到 etc/ data/就是软件自带的数据，不知道为什么这样写。我对include目录
#还是不太了解，大概是 ./ 这种就是从运行软件的目录算起，直接data/ etc/ 从软件home目录算起，直接给文
# 件的就从conf文件目录里找，oops，confuse！
#karyotype = data/karyotype/karyotype.mouse.txt
#karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt,data/karyotype/karyotype.mouse.txt
karyotype =  data/karyotype/karyotype.human.hg19.txt

chromosomes_units           = 1000000
chromosomes_display_default = yes
<<include ideogram.conf>>

<<include ticks.conf>>
<<include ../../etc/image.conf>>

#这是软件的画图的一般配置，不用改了
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
<<include etc/housekeeping.conf>>