自然杂交研究中有关漸渗和基因流的软件2021-08-05

(1)Migrate-n

Programming language：Perl

Reference:

    Estimation of migration rates and population sizes in geographically structured populations（NATO ASI SERIES A LIFE SCIENCES，1998）

    Maximum-likelihood estimation of migration rates and effective population numbers in two populations using a coalescent approach（Genetics，1999）

    10.1214/lnms/1215455552（ Lecture Notes-Monograph Series，1999）

    10.1073/pnas.081068098（PNAS，2001）

    10.1007/0-306-46900-6_10（Computational and Evolutionary Analysis of HIV Molecular Sequences，2002）

    10.1111/j.1365-294X.2004.02101.x（Molecular Ecology，2004）

    10.1093/bioinformatics/bti803（Bioinformatics，2006）

    10.1534/genetics.107.078931（Genetics，2007）

    10.1017/CBO9780511626920.004（Population Genetics for Animal Conservation，2009）

    10.1534/genetics.109.112532（Genetics，2010）

    10.1201/b16965-15（Bayesian Phylogenetics: Methods, Algorithms, and Applications，2014）

    10.1073/pnas.1810239116（PNAS，2019）

    10.1101/587832（BioRxiv，2019）

Manual：https://peterbeerli.com/migrate-html5/tutorials.html

Link：https://peterbeerli.com/migrate-html5/download.html

（2)BayesASS3

 Programming language：C++

Reference：

     Bayesian Inference of Recent Migration Rates Using Multilocus Genotypes（Genetics，2003）

    10.1111/2041-210X.13252（Methods in Ecology and Evolution，2019）

Manual：https://github.com/brannala/BA3/blob/master/doc/BA3Manual.pdf

Link：https://github.com/stevemussmann/BayesAss3-SNPs

(3)NewHybrids

Programming language：C，Shell

Reference：10.1111/j.1365-294X.2005.02773.x（Molecular Ecology，2006）

Manual：https://github.com/eriqande/newhybrids

Link：https://github.com/eriqande/newhybrids

(4)parallelnewhybrid

Programming language：R

Reference：10.1111/1755-0998.12597（Molecular Ecology Resources，2010）

Manual：https://github.com//bwringe/parallelnewhybrid

Link：https://github.com//bwringe/parallelnewhybrid

(5)introgress

Programming language：C，Shell

Reference：

    ①10.1111/j.1365-294X.2009.04098.x（Molecular Ecology，2009）

    ②10.1111/j.1755-0998.2009.02733.x（Molecular Ecology Resources，2010）

Manual：https://cran.r-project.org/web/packages/introgress/introgress.pdf

Link：https://www.rdocumentation.org/packages/introgress/versions/1.2.3/topics/introgress-package

(6)ABBA-BABA

Programming language：—

Reference：10.1038/nature11041（Nature，2012）

Manual：https://http://evomics.org/learning/population-and-speciation-genomics/2018-population-and-speciation-genomics/abba-baba-statistics/

Link：—

(7)hybriddetective

Programming language：R，C++

Reference：10.1111/1755-0998.12704（Molecular Ecology Resources，2017）

Manual：https://github.com/bwringe/hybriddetective

Link：https://github.com/bwringe/hybriddetective

(8)HyDe

Programming language：Python

Reference：10.1093/sysbio/syy023（Systematic Biology，2018）

Manual：https://github.com/pblischak/HyDe

Link：

    ①https://github.com/pblischak/HyDe

    ②https://hyde.readthedocs.io/en/latest/

(9)D3

Programming language：Python，R，Shell

Reference：10.1093/molbev/msz178（Molecular Biology and Evolution，2019）

Manual：https://github.com/mhibbins/D3_introgression

Link：https://github.com/mhibbins/D3_introgression

(10)PopCOGenT

Programming language：C++

Reference：10.1016/j.cell.2019.06.033（Cell，2019）

Manual：https://github.com/philarevalo/PopCOGenT

Link：https://github.com/philarevalo/PopCOGenT

(11)EasyParallel

Programming language：Python，Shell

Reference：10.1371/journal.pone.0232110（PLoS One，2020）

Manual：https://github.com/hzz0024/EasyParallel

Link：https://github.com/hzz0024/EasyParallel

(12)Dsuite

Programming language：C++，Python

Reference：10.1111/1755-0998.13265（Molecular Ecology Resources，2020）

Manual：https://github.com/millanek/tutorials/tree/master/analysis_of_introgression_with_snp_data

Link：https://github.com/millanek/Dsuite