群体历史推断软件汇总2021-0805

（1）δaδi

   Programming language：C，Python

   Reference：10.1371/journal.pgen.1000695（PLoS Genetics ，2009）

   Manual：https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/src/master/doc/user-guide/

   Link：https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/src/master/

（2）G-PhoCS

   Programming language：C

   Reference:10.1038/ng.937（Nature Genetics，2011）

   Manual：https://github.com/gphocs-dev/G-PhoCS/blob/master/GPhoCS_Manual.pdf

   Link：

       https://github.com/gphocs-dev/G-PhoCS

       http://compgen.cshl.edu/GPhoCS/

（4）PSMC

   Programming language：C

   Reference: 10.1038/nature10231（ Nature，2011）

   Manual：https://github.com/lh3/psmc

   Link：https://github.com/lh3/psmc

（5）fastsimcoal

  Programming language:—

  Reference:

      10.1093/bioinformatics/btr124(Bioinformatics，2011)

      10.1371/journal.pgen.1003905（PLOS Genetics，2013）

      10.1093/bioinformatics/btab468(Bioinformatics，2021)

  Manual：http://cmpg.unibe.ch/software/fastsimocal2/
  Link：http://cmpg.unibe.ch/software/fastsimocal2/

（6）MCMC

  Programming language：D

  Reference：10.1038/ng.3015（ Nature Genetics，2014）

  Manual：https://github.com/stschiff/msmc

  Link：https://github.com/stschiff/msmc

（7）stairway plot

 Programming language：Java

 Reference: 10.1038/ng.3254（Nature Genetics，2015）

 Manual：https://github.com/kern-lab/stairwayPlotMisorient/blob/master/readme02.txt

 Link：https://github.com/kern-lab/stairwayPlotMisorient

（8）Ima2p

 Programming language：C++

 Reference: 10.1111/1755-0998.12437（Molecular Ecology Resources，2015）

 Manual：https://github.com/arunsethuraman/ima2p/blob/master/IMa2p%20manual.pdf

 Link：

     https://github.com/arunsethuraman/ima2p

     https://bio.cst.temple.edu/~hey/software/ima2p

(9)TNSFS

  Programming language：——

  Reference: 10.1093/molbev/msv158（Molecular Biology and Evolution，2015）

(10)SMC++

  Programming language：C++

  Reference: 10.1038/ng.3748（Nature Genetics，2016）

  Manual：https://github.com/popgenmethods/smcpp

  Link：

      https://github.com/popgenmethods/smcpp

      https://hpc.nih.gov/apps/smcpp.html

(11)dadi

 Programming language：——

 Reference: 10.1534/genetics.117.201251（ Genetics ，2017）

 Manual：https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/src/master/doc/user-guide/

 Link：https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/src/master/

(12)momi2

 Program language：Python

 Reference:10.1080/01621459.2019.1635482（ Journal of the American Statistical Association ，2020）

 Manual：

      https://github.com/popgenmethods/momi2/tree/master/docs

      https://momi2.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html

 Link：https://github.com/popgenmethods/momi2