miRNA及其靶基因预测的数据库收集

1. miRBase ( http://www.mirbase.org/  )

    最常见的miRNA数据库，收录了全物种的miRNA信息

2. miRPathDB ( https://mpd.bioinf.uni-sb.de/overview.html )

    收集了人的miRNA的靶基因的信息

3.  miRDB ( http://mirdb.org/ )

    收集了人、小鼠、大鼠、狗和鸡的靶基因信息

4.   miRTarBase  ( http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php )

      收集了目前已经经过实验验证过的靶基因信息，这些靶基因或者有这强实验结果支撑(Reporter assay or Western blot)，或者比如比较弱的证据(Microarray or pSILAC)，目前收录的物种有23种，分布有以下几种

植物：  Arabidopsis thaliana       拟南芥       

              Oryza sativa  水稻

动物：   

     无脊椎动物

              Caenorhabditis elegans  线虫

               Bombyx mori  家蚕

               Drosophila melanogaster  果蝇

     鱼、鸟类、爬行类

              Danio rerio  斑马鱼

             Oryzias latipes 青鳉鱼

             Gallus gallus  鸡

             Taeniopygia guttata 珍珠鸟(斑马纹草雀)

             Xenopus laevis  非洲有爪蟾蜍 (African clawed frog)

             Xenopus tropicalis 西方有爪蟾蜍 (Western clawed frog)

    哺乳动物

            Bos taurus  牛

           Canis familiaris 狗

          Sus scrofa  野猪

           Ovis aries 绵羊

           Cricetulus griseus  灰仓鼠

            Mus musculus 小鼠

           Rattus norvegicus  大鼠

           Homo sapiens 人

病毒  (没错，病毒也可以产生miRNA)

Epstein Barr virus  EB病毒

Human cytomegalovirus 人巨细胞病毒

Kaposi sarcoma-associated herpesvirus  疱疹病毒

Vesicular stomatitis Indiana virus 水泡性口炎病毒