在亚里士多德之后，希腊哲学事实上已经处于逐步衰退的状态。伦理研究（伊壁鸠鲁和斯多葛学派）和以皮浪为代表的怀疑论者们，其实都在继承和不断修正苏格拉底、柏拉图和亚里士多德的哲学遗产，而没有再提出独立的哲学体系。这种停滞一直持续到中世纪结束后近代哲学的兴起。
尽管如此，哲学研究本身并没有停止。在公元初年随着基督教的崛起，哲学和神学的关系变的越发紧密。古典哲学特别是基于柏拉图的理念学说发展起来的新柏拉图主义为普世的基督教提供了很好的理论依据，教父们都忙于通过哲学的外衣来给圣经做出合理的解释。
新柏拉图主义及同时代的哲学观念，普遍认为上帝是一，是永恒的存在，是世界的起源、动力和归宿，万物都是上帝的“流射”通过实体的理念或逻各斯作用于无形的物质而形成的。这种流射类似于太阳发出的光，照亮万物但并不会让自己有任何损失。从这种思想出发，理念或相应的世界灵魂是善的，而物质则是恶的。对应到人，灵魂因堕落而被局限在恶的肉体中，只有通过向善的理念（世界灵魂）甚至上帝靠近，才能得到救赎。可以看到，这与基督教中的亚当因贪念而堕落并被逐出伊甸园、其子孙被上帝抛弃和惩罚、耶稣基督降落凡间来拯救人类、人们只有在教会的指引下信仰上帝甚至禁欲才能获得救赎的整个说法是一脉相承的。
在公元4世界基督教被确认为罗马帝国国教之后，比柏拉图理念学说更为极端的位格概念及圣父（存在）、圣子（逻各斯或理念）和圣灵（可被人感知的上帝的第三位格）三位一体的学说开始占据上风。尽管从哲学上来说，三位一体特别是耶稣基督的神性人性统一是很难解释的通的，但顶着哲学家名头的教父们自然有办法来解决的。公元5世纪初，圣奥古斯丁把三位一体当成是无需解释的基本原则，而其他一切现象都可以从三位一体出发来解释。这种唯心主义的思想影响了整个中世纪，并在14世纪经院哲学的集大成者圣托马斯那里达到了顶峰。
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