序列比对后计算变异位点，有效位点，核苷酸多样性

• variable sites
• informative sites
• nucleotide diversity

信息位点的定义：

在两个及以上分类单元（的序列）中存在差异，且其中至少有两种变异类型在该位点出现两次及以上（虽然有了定义自己还是不太明白）
摘自 高老师的系统发育分析完整教程

三个名词的概念自己还不太理解，先把如何计算的过程记录下来，以论文 comparative analysis of six lagetstroemia complete chloroplast genome 中提到的六个紫薇属叶绿体基因组序列为例，使用mafft进行比对，然后计算上面三个指标(论文中的Table4)。
使用之前提到的python脚本下载六种紫薇属植物的叶绿体基因组序列 简单的python脚本批量下载叶绿体基因组序列

species	accession number
L.fauriei	KT358807
L.indica	KX263727
L.guilinensis	KU885923
L.indica “LüzhaoHongdie”	KF572028
L.subcostata	KF572029
L.speciosa	KX572149

第一种方法使用DNAsp软件

1、点击file——open data file读入比对好的数据
2、点击Data——format，依次选择haploid,chloroplast,点击OK

3、点击 analysis——polymorphic sites,点击OK即可输出结果 30.PNG
输出的结果包括位点总数（这里需要注意的是DnaSp这个软件计算的总位点数是去掉gap以后的）非变异位点；变异位点；singleton variable sites(这个不知道是什么意思)；有效位点数（parsimony informative sites）；计算出来的结果和文章中的Table4有些出入，暂时还没有想到原因
4、点击analysis——DNA polymorphism 计算核苷酸多态性 32.PNG

第二种方法使用IQ-tree

IQ-tree是用来构建最大似然树（ML）的一款软件，阅读帮助文档时发现IQ-tree也可以用来计算有效位点的数量，使用到的参数

iqtree -s example.phy -m JC -n 0 -alninfo

-s 指定输入文件
-m 指定模型
-n 暂时不知道是什么作用 <#iterations> Fix number of iterations to stop (default: auto)
-alninfo 将统计结果输出到 .alninfo 文件中 Print alignment site statistics to .alninfo file

31.PNG

结果和第一种方法也不太一样

第三种方法使用在线程序https://indra.mullins.microbiol.washington.edu/DIVEIN/

这种方法和第二种输出的结果是一致的