Bioperl安装

作者: bio_橡树 | 来源:发表于2021-05-04 22:10 被阅读0次

bioperl安装（无需root权限）
安装bioperl
Bioperl安装
使用pfam-scan进行预测
【Perl】如何安装Bioperl模块？
从fasta序列中提取特定ID的序列
Bioperl 自动安装（cpan & cpanm）
简单命令安装Bio::Perl模块
iTAK软件的安装报错解决(如何安装缺失的bioperl模块)
conda安装bioperl模块之后还是不能调用其中的模块

安装 conda install -c bioconda perl-bioperl
安装完成如果不能正常调用bioperl出现Can‘t locate Bio/Perl.pm in @INC等报错，则需要配置一下@INC。
配置方法首先找到Perl.pm装在哪里
find ./ -name "Perl.pm" ./miniconda3/lib/perl5/site_perl/5.22.0/Bio/Perl.pm
然后配置路径 export PERL5LIB=/home/data/vip9t13/miniconda3/lib/perl5/site_perl/5.22.0/
查看是否设置成功 perl -wle 'print for @INC'
最后修改一下~/.bashrc文件就可以了

bioperl安装（无需root权限）
bioperl安装流程： bioperl 安装（cpan） perl -MCPAN -e shell 一路回车，安...
安装bioperl
http://bioperl.org/INSTALL.html
Bioperl安装
安装 conda install -c bioconda perl-bioperl安装完成如果不能正常调用biop...
使用pfam-scan进行预测
安装使用conda安装Pfam_scan pfam_scan依赖bioperl，因此，通过conda安装简单快捷...
【Perl】如何安装Bioperl模块？
生信软件绕不过Perl，Perl绕不过Bioperl。而Bioperl的安装总让人头大，尤其是对普通用户。以下错误...
从fasta序列中提取特定ID的序列
小编分享一个从fasta中提取序列的perl脚本（需要安装bioperl）：
Bioperl 自动安装（cpan & cpanm）
1 cpan 安装 2 cpanm 安装
简单命令安装Bio::Perl模块
在网上搜了好几个教程下载安装Bioperl，结果一顿操作，全部失败，然后去bing上搜索英文教程，就找到一行命令，...
iTAK软件的安装报错解决(如何安装缺失的bioperl模块)
这个软件是用于查找蛋白激酶的. 写得比较好, 简单易用. 但是安装时有一些问题. github地址: https:...
conda安装bioperl模块之后还是不能调用其中的模块
我第一次遇到这种情况的时候，在网上查了很多的教程，试过各种方法，以及重新安装相应的模块还是不能解决，在各种折磨之后...