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bioperl安装(无需root权限)

bioperl安装(无需root权限)

作者: 加油gjq | 来源:发表于2018-06-12 18:44 被阅读484次

    bioperl安装流程:

    • bioperl 安装(cpan)

    1. perl -MCPAN -e shell 一路回车,安装完成后q退出
    source ~/.bashrc
    
    >cpan
    cpan>install Module::Build
    cpan>o conf prefer_installer MB
    cpan>o conf commit
    cpan>q
    
    1. 下载bioperl(wget https://github.com/bioperl/bioperl-live/archive/master.zip)并解压:unzip master.zip
    2. 进入解压后的目录安装
      perl Build.PL --install_base=~/perl5/Bioperl/  指定安装目录,可自行修改
     ./Build test
     ./Build install
    

    中间一直敲回车即可,若无报错,则安装完成

    • blastxml安装

    1. 下载blastxml(wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/Bio-SearchIO-blastxml-1.70.tar.gz)并解压
    2. 进入解压后的目录安装
    perl Makefile.PL --install_base ~/perl/lib/perl/Bio/SearchIO/
    make 
    make install
    

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