iTAK软件的安装报错解决(如何安装缺失的bioperl模块)

这个软件是用于查找蛋白激酶的. 写得比较好, 简单易用. 但是安装时有一些问题.

github地址: https://github.com/kentnf/iTAK
官网: http://itak.feilab.net/cgi-bin/itak/index.cgi
文章地址: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205216302234

下载解压开之后直接使用

iTAK.pl -h
Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.30.0 /usr/local/share/perl/5.30.0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.30 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.30 /usr/share/perl/5.30 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base) at /home/data/gma29/project/02wy/iTAK/iTAK-1.4/iTAK.pl line 28.
BEGIN failed--compilation aborted at /home/data/gma29/project/02wy/iTAK/iTAK-1.4/iTAK.pl line 28.

会报一个找不到Bio/SeqIO的错误, 尝试在conda小环境里安装perl-bioperl, 但是没有解决.
然后用手动安装的方式想安装SeqIO这个模块, 安装成功了, 但是也还是运行不成功.

cpanm Bio::SeqIO
# 运行能够成功, 没有问题.

最后直接打开了iTAK.pl这个文件, 发现第一行释伴写的是

#!/usr/bin/perl

只要把这一行改成

#!/usr/bin/env perl

就可以正常安装了

iTAK.pl -h

UPDATE: Jan-19-2014
VERSION: v1.4
USAGE: 
        perl iTAK.pl [parameters]

        -i  [String]    Name of input sequence file in FASTA format (required)
        -s  [String]    Type of input sequences ('p' for protein | 'n' for 
                        nucleotide). (default = p)
        -m  [String]    Type of analysis ('t' for TF identification | 'p' for 
                        protein kinase identification |'b' for both). (default 
                        = b)
        -a  [Integer]   number of CPUs used for hmmscan. (default = 1)
        -o  [String]    Name of the output directory. ( default = 'input file 
                        name' + '_output')

所以不确定是要手动安装SeqIO模块还是conda安装perl-bioperl的时候就已经成功了. 反正可以都试试.

one more thing

另外, 在搜如何安装perl模块的时候搜出来一个perlbrew, 明显是模仿homebrew或者linuxbrew这种一键式安装软件、模块、包的工具. 但是在实际安装时第一步就报错了. 默认下载的地址404了, 不确定是暂时的还是永久失效了. 这里先mark一下, 以后有机会可以再试用一下, 毕竟多一个方便的安装perl包的方法, 何乐而不为呢.