病因，是指导致疾病发生的原因。病机，是指疾病发生发展和变化的机制。《内经》的病因病机理论，是在“人与天地相参”的整体观思想指导下，以阴阳五行、脏象、经络等为基础，对疾病原因、发病机制、病理变化等方面的内容进行了重点阐述。
一、病因分类
《内经》为了说明各种复杂垢致病因素的性质有其致病特点，首先对病因进行了归类。《灵枢.百病始生》说：“夫百病之始生也，皆生于风雨寒暑，清湿喜怒。喜怒不节则伤藏，风雨则伤上，清湿则伤下。
三部之气，气伤异类。……喜怒不节则伤藏，藏伤则病起于阴也。清湿袭虚则病起于下；风雨袭虚则病起于上，是谓三部。至于其淫泆，不可胜数。”这里首先把病邪分为三部之气，即风雨寒暑（气候变化因素），清湿之气（地理环境因素），喜怒不节（情志因素）。风雨寒暑及清湿之气，均属外感邪气，伤人体表又有上、下部位之异；喜怒不节属情志内伤，病起于内部。
此三部之气又可以进而划分为阴阳两类，凡外感风雨寒暑清湿之气者，病起于阳；内因喜怒不节、情志所伤者，病起于阴。这种划分法，不仅是祖国医学病因分类的起源，而且还说明，病因的性质不同，则伤人的途径、部位、气致疾病及其传变都迥然有异。
如张景岳所说：“百病始生，无非外感内伤……喜怒不节，五志病也，内伤于脏，故起于阴。清湿袭虚，阴邪之在表也，故起于下。风雨袭虚，阳邪之在表也，故起于上。”
《素问.调经论》明确指出：“夫邪之生也，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，得之风雨寒暑；其生于阴者，得之欲食居处，阴阳喜怒。”这里的“生于阴“、”生于阳“，原文本指阴经和阳而言，然阴主内，阳主外，生于阴，即指病生于内；生于阳，即指病生于外。正因为病因有生于内和生于外的不同，因而后世医家就把一切病症归纳为内伤病和外感病两大类。
《内经》的这种病因分类法，为中医病因学的发展奠定了理论基础。汉代张仲景《金匮要略》提出：”千般疢（chen)难，不越三条：
一者，经络受邪入爱脏腑，为内所因也；
二者，四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；
三者，房室、金刃、虫兽所伤。”
宋代陈无择《三因方》又提出六淫邪气所触为外因，五脏情志所伤为内因，饮食劳倦、跌仆金刃以及虫兽所伤为不内外因的“三因学说”。这些都是导源于《内经》的病因分类的理论。
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