Day3 Linux环境下的软件安装

安装压缩软件

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生信星球

输入bzip2，阿里云会显示I won't write compressed data to terminal,说明你没有这个压缩软件，那么就需要安装
安装bzip2:输入yum install -y bizp2.跟教程不一样的是我这里显示的是Package.....Nothing to do.
下载MIniconda. 使用谷歌搜索miniconda.进入网址 Miniconda - Conda或conda,复制Linux的miniconda的下载脚本bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
在Linux界面输入cd biosoft，再输入wget并空格点右键，

实际界面
安装miniconda。输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
实际界面
一直按enter，直到出现这个画面
是否接受呢
当然输入yes。
然后敲一下enter。会出现如下画面
image.png
如图所示输入yes，坐等成功。
看到这个画面就是成功了
还要特别交代需要输入source ~/bashrc进行激活，不过我并没有输入。然后在命令行输入conda
出现满屏信息就说明成功了，出现一行简短的报错信息就是有问题，请重新安装。（重新安装1.删除miniconda这个目录2.不要删除安装包，否则就重新下载3.视频教程https://share.weiyun.com/5J82I9g密码：iwcd4k）

添加国内镜像

特别注意，这容易栽跟头。把下面的代码一行一行复制到命令行，粘贴（点击鼠标右键）、回车
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

1.输入conda list
2.搜索软件输入conda search fastqc(不输入镜像不行)
3.安装软件 conda install fastqc -y(加上-y是自动安装，你可以试试不加-y有什么区别)，默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本，如果要指定版本号，可以conda install fastqc-0.11.7 -y
4.卸载软件conda remove fastqc -y.
这一期就到这里吧，赶时间。

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