[R]R包ChAMP学习资源整合

作者: 郑宝童 | 来源:发表于2018-11-09 15:49 被阅读17次
今天,一个小师妹问我用过ChAMP这个包没?本着不重复早轮子的原则,我又不要脸的开启了一波ChAMP学习资源的整理。

我们先把ChAMP安上,嘿嘿,其他一切都好说

# R>3.50安装ChAMP  bioconductor近来启用新的R包安装方式,替代以往source("...") bicLite("...")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ChAMP", version = "3.8")

# R<3.50安装ChAMP
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ChAMP")

详细的帮助文档可以通过以下命令行查看

browseVignettes("ChAMP")

帮助文档的简单译文如下:
[R]ChAMP帮助文档译[上]-甲基化分析流程(The Chip Analysis Methylation Pipeline)
[R]ChAMP帮助文档译[下]-甲基化分析流程(The Chip Analysis Methylation Pipeline)

万能的网络啥都有,来来来,来一波ChAMP学习资源的目录:

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