新冠数据：GEO GSE171668

这三个患者的部分组织取了scRNA ，其他都是单核。
02-P166169 肝、心脏 是单核 两个肺是冷冻sc
04-P006354 肾、心 单核 两个肺是冷冻sc
04-P103142 肾、肝、肺、脾和气管 单核 三个肺新鲜样本sc GSM5230026 GSM5230027 GSM5230028

肝脏数据 2024.1.5 新冠

患者 测序方法 GSE
02-P005175 sn GSM5229971
02-P118946 sn GSM5229976
02-P166169 sn GSM5229977 GSM5229981
02-P240970 sn GSM5229985
02-P248880 sn GSM5229990
02-P334354 sn GSM5229994
02-P348762 sn GSM5230000
04-P054921 sn GSM5230013
04-P079042 sn GSM5230018
12-P852049 sn GSM5230039
12-P890292 sn GSM5230042

COVID-19 患者基因表达谱的现状

全网疾病单细胞数据库汇总

scLiverDB (hust.edu.cn)

“新冠”再掀波澜！独家盘点6个科研必备【新冠数据库】，快码住，趁着生信研究热潮，速速上车！

COVID19db (biomedical-web.com)

感染中的肝脏：单细胞和空间转录组学视角

肝脏分析中的单核RNA测序（snRNA-seq）

scRNA-seq的局限性包括难以保存和解离以获得单细胞悬浮液、不适用于含有大细胞的样本类型、仅适用于新鲜组织样本以及人工应激反应[69]。最近，研究人员将重点放在肝脏研究中的snRNA-seq[18]。值得注意的是，snRNA-seq通过使用去污剂直接从完整细胞中释放细胞核来避免细胞解离步骤[18]。snRNA-seq不是对细胞质中的所有Mrna进行测序，而是仅捕获细胞核中的转录本[70]。因此，可以理解的是，这些差异会影响这些方法在描绘各自细胞类型的亚型时的灵敏度。在进行肝脏分析时，已经比较了ScRNA-seq和snRNA-seq[41]。通常，snRNA-seq产生的基因/细胞数量低于scRNA-seq。然而，这并不妨碍不同细胞类型的鉴定，因为scRNA-seq和snRNA-seq都鉴定出每个细胞群中高表达的基因[41]。然而，scRNA-seq中的基因表达通常高于snRNA-seq。此外，在不同细胞类型中观察到消化相关基因和snRNA-seq相关基因的表达模式[41]。尽管snRNA-seq最好地概括了在体内观察到的细胞频率，但它在基因/细胞方面不如scRNA-seq。在肝脏分析中，snRNA-seq在使用冷冻肝组织检测更多胆管细胞、肝细胞和间充质细胞方面可能具有优势[19,71]。 值得注意的是，snRNA-seq仅捕获细胞核中的Mrna，因此可能会丢失有关RNA稳定性、Mrna加工和代谢的生物过程的重要信息。此外，肝内免疫图谱对于解释肝脏发病机制至关重要。然而，snRNA-seq数据中丢失了大量有关免疫细胞的重要信息。例如，使用snRNA-seq在肝脏样本中未检测到任何T细胞或B细胞受体成分[18]。因此，建议研究使用 scRNA-seq 调查肝内免疫细胞群。由于每种方法都有其优点和缺点，因此最佳方法取决于所解决的科学问题。

XCR1+ type 1 conventional dendritic cells drive liver pathology in non-alcoholic steatohepatitis | Nature Medicine

GSE169447只有人和小鼠的肝免疫细胞 CD45+

GSE159977 只有人的肝免疫细胞 CD45+

靶向表观遗传适应不良的血管生态位可缓解非酒精性脂肪性肝炎的肝纤维化 - PubMed (nih.gov)

GSE181483

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1、非酒精性脂肪性肝硬化非实质GSE181483

2024.1.5

对照：GSM5741404 GSM5741405
非酒精性脂肪性肝硬化：GSM5741406 GSM5741407

2、酒精性/非酒精性 肝纤维化 Cd45- GSE136103

对照：GSM4041154 GSM4041159
酒精性肝纤维化：GSM4041165 GSM4041167

2024.1.5 新增 CD45-

健康对照：GSM4041151 GSM4041152 GSM4041154 GSM4041156 GSM4041157 GSM4041159

NAFLD fibrotic 患者1 ：GSM4041162 GSM4041163
Alcohol fibrotic 患者2： GSM4041165
Alcohol fibrotic 患者3： GSM4041167

3、新冠肝细胞单核GSE171668 格式H5

患者有糖尿病、高血压、BMI25.0-29.9 [overweight]、30多岁、男、 P166169：GSM5229981 GSM5229977

患者有高血压、BMI(30.0-39.9 [obese]、40多岁、男、P103142：GSM5230021

患者P118946 GSM5229976
患者P054921 GSM5230013

4、 肥胖、肝脂肪变、肝细胞单核 cell 2022 GSE192742 也有CD45 阴性的

患者H30：脂肪变 15% GSM5764394 GSM5764395
患者H32：脂肪变 50% GSM5764396

2024.1.5 新增
患者H37：GSM5764397 GSM5764398 GSM5764399
患者H38：GSM5764400 GSM5764401

5、GSE133341 Microwell-seq analysis技术做的 成年人的肝组织

6、脑损伤的31岁男性 肝脏非实质 GSE159929

肝脏非实质 AM+EH− 流式筛选活细胞 GSM4850582

7、冷冻3人sn，新鲜1人sc的肝细胞对比 都是健康GSE185477

三个单核：GSM5616003（去掉，细胞太少） GSM5616005 GSM5616007

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